1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...attctgttccctttcctttccatcccttaccatcaataacaaggtttagagattgattgagagcatggattaatcacaatactatggtcatatttgcaggCAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAACTCAAGAAGTGGAGGATAACAAAGCAGCTGAGTGATGATGATGGTATGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G10120.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATCCCTGATGCTTCGAAGGCCCCTGGCACTGTTGGAGTTGTTCTGAGGG CAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCGGAAGTTGGTGTAAEST: gi|10236123|gb|BE804941.1|BE804941
genomic: AATCCCTGATGCTTCGAAGGCCCCTGGCACTGTTGGAGTTGTTCTGAAGGtattctacat ... tatttgcaggCAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAA
EST: AATCCCTGATGCTTCGAAGGCCCCTGGCACTGTTGGAGTTGTTCTGAAGG CAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAAEST: gi|21888782|gb|BQ741995.1|BQ741995
genomic: AATCCCTGATGCTTCGAAGGCCCCTGGCACTGTTGGAGTTGTTCTGAAGGtattctacat ... tatttgcaggCAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAA
EST: AATCCCTGATGCTTCGAAGGCCCCTGGCACTGTTGGAGTTGTTCTGAAGG CAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAA
genomic: AATCCCTGATGCTTCGAAGGCCCCTGGCACTGTTGGAGTTGTTCTGAAGGtattctacat ... tatttgcaggCAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAA
ttagagattgattgagagcatggattaatcacaatactatggtcatatttgcaggCAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAACTCAAGAAGTGGAGGATAACAAAGCAGCTGAGTGATGATGATGGTATGA
gattaat putative branch site (score: 3)
attaatca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attctgttccctttcctttccatcccttaccatcaataacaaggtttagagattgattgagagcatggattaatcacaatactatggtcatatttgcaggCAGGATATAAGCTCTATGATCGTGTTCTTCGTCCGGCAGAAGTTGGTGTAACTCAAGAAGTGGAGGATAACAAAGCAGCTGAGTGATGATGATGGTATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
-ttctgtt
- - - - ccctttc
- - - - - - - -ctttcca
- - - - - - - - - - - - ccttacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ataacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaca