Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttactaaatttgctgaattgtcgtaattctgatctggcaatgtgttaactgattttaataaaccaatttggatttgtcggatgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTATGGATATGCGCAGGGGGGCTATGAAAATTACGGTTATGCCCCTGCTGGAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G01800.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31464535|gb|CD406563.1|CD406563
EST:     GGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|213596522|gb|DB973998.1|DB973998
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|17153845|gb|BM143778.1|BM143778
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|21256233|gb|BQ453121.1|BQ453121
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|193470953|gb|FK436936.1|FK436936
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|117557699|gb|EG702084.1|EG702084
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|254322516|gb|GR837930.1|GR837930
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|151399777|gb|EV269648.1|EV269648
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|51336170|gb|CO980036.1|CO980036
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|254329353|gb|GR833725.1|GR833725
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         -CTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTG-ATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|22932355|gb|BU549494.1|BU549494
EST:     AAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: AAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|254322517|gb|GR837931.1|GR837931
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|6848825|gb|AW351115.1|AW351115
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|254320968|gb|GR827417.1|GR827417
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|254320969|gb|GR827418.1|GR827418
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|213613505|gb|DB978610.1|DB978610
EST:     CAAAATGTTCGGCTTTCAT--GGCCTCAAGGTCGAGCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: CAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCC-GAA-GTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|9820559|gb|BE556069.1|BE556069
EST:     GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: GCGGACAAAATGTTCGGCTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
EST: gi|254329354|gb|GR833726.1|GR833726
EST:     CGGACAAAATGTTCGGCTTTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAG                         GCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT
genomic: CGGACAAAATGTTCGGC-TTTCATGGGGCCGAAGTCCTTCAAACAAACAGgttactaaat ... tgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcaatgtgttaactgattttaataaaccaatttggatttgtcggatgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTATGGATATGCGCAGGGGGGCTATGAAAATTACGGTTATGCCCCTGCTGGAC
                                                ttttc  CT-rich tract
        ttaactgattttaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttactaaatttgctgaattgtcgtaattctgatctggcaatgtgttaactgattttaataaaccaatttggatttgtcggatgattttcagGCTCAACCAGATGCAAACCAGTGGAATGGTAGTGGTGGTGGTGGATACTATGGATATGCGCAGGGGGGCTATGAAAATTACGGTTATGCCCCTGCTGGAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA