Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttagagtctatggtgcaagctatagattgaaaatatggactttgcttatgtccaaatgaaactcaattctgtactaaactttgtgttggttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATTAGGCGCGCCTCACTTCCATGGCATGCGCTATTCGGGCTGTTTGTATTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G29750.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14125433|gb|BG789871.1|BG789871
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTNNTGTGATCTTTTTCTTCCC
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTT-TGTGATCTTTTTCTTCCC
EST: gi|11414051|gb|BF425991.1|BF425991
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTATCTTCCCT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCT
EST: gi|193308614|gb|FK275337.1|FK275337
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTCTTTCTTCCCTGGTGGGACT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACT
EST: gi|208091057|gb|GD889228.1|GD889228
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|9564415|gb|BE473924.1|BE473924
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGG-TTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTG-G-TCTNTNTCTTCCCTGG-GGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|15285826|gb|BI469717.1|BI469717
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316887|gb|FK006100.1|FK006100
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|19453458|gb|BM954868.1|BM954868
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31308920|gb|CD394123.1|CD394123
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|193718287|gb|FK652535.1|FK652535
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31466553|gb|CD408581.1|CD408581
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|207768476|gb|GD739055.1|GD739055
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316886|gb|FK006099.1|FK006099
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192307911|gb|FK003059.1|FK003059
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316699|gb|FK006402.1|FK006402
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|19346752|gb|BM891632.1|BM891632
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192308824|gb|FK000144.1|FK000144
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31465485|gb|CD407513.1|CD407513
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|15000115|gb|BI320929.1|BI320929
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|209707846|gb|BW683742.1|BW683742
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192308823|gb|FK000143.1|FK000143
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|10238334|gb|BE807150.1|BE807150
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGT
EST: gi|208113699|gb|GD913410.1|GD913410
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|17152905|gb|BM142838.1|BM142838
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|193675628|gb|FK614812.1|FK614812
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|151397821|gb|EV267694.1|EV267694
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|192316700|gb|FK006403.1|FK006403
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|31456977|gb|CD399005.1|CD399005
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|14125470|gb|BG789908.1|BG789908
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTNNTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCC
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTT-TGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCC
EST: gi|298193346|gb|HO033780.1|HO033780
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|151396174|gb|EV266051.1|EV266051
EST:     TTGCATTCATGGCTTGGAATTTGGGGTTATTTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTTGTGATTCTTTTTCTTCCCCTGGTGGG
genomic: TTGCATTCATGGCTTGGAATT-GGGGTTATT-GTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTT-GTGAT-CTTTTTCTTCCC-TGGTGGG
EST: gi|192307912|gb|FK003060.1|FK003060
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
EST: gi|151412364|gb|EV282176.1|EV282176
EST:     GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAG                         TGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT
genomic: GCTTGCATTCATGGCTTGGAATTGGGGTTATTGTCCTTTATGGCATTCAGgtaaaccact ... ttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttatgtccaaatgaaactcaattctgtactaaactttgtgttggttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATTAGGCGCGCCTCACTTCCATGGCATGCGCTATTCGGGCTGTTTGTATTTG
                           tactaaa  putative branch site (score: 1)
                                             ttccctgc  putative PPT
         aaatgaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttagagtctatggtgcaagctatagattgaaaatatggactttgcttatgtccaaatgaaactcaattctgtactaaactttgtgttggttccctgcagTGGATATATGGGTTTGTGATCTTTTTCTTCCCTGGTGGGACTCCCGACATTAGGCGCGCCTCACTTCCATGGCATGCGCTATTCGGGCTGTTTGTATTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - gtctatg
- - - - - - - tgcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgttgg