1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtatgtacttctatgcatgagtattgtacctgtggatttcagggtgaatgtatcattctttttaatgaggagtgttttgtgcattagGTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGTTGTTTATATGGCGGAGCTCCGTATCAAGGTCAGGAAATTAAGCTTAGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G29060.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAG GTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGTEST: gi|254316012|gb|GR825821.1|GR825821
genomic: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAGgtatgtactt ... tgtgcattagGTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGT
EST: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAG GTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGTEST: gi|208221359|gb|GE015961.1|GE015961
genomic: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAGgtatgtactt ... tgtgcattagGTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGT
EST: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAG GTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGEST: gi|193316745|gb|FK279059.1|FK279059
genomic: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAGgtatgtactt ... tgtgcattagGTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATG
EST: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAG GTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGT
genomic: GGACTCCAAGTGTTCTTGTGCTTCTACCTACTAGGGAATTGGCCTGTCAGgtatgtactt ... tgtgcattagGTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGT
tggatttcagggtgaatgtatcattctttttaatgaggagtgttttgtgcattagGTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGTTGTTTATATGGCGGAGCTCCGTATCAAGGTCAGGAAATTAAGCTTAGGA
ttttaat putative branch site (score: 3)
tatcattctttttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtacttctatgcatgagtattgtacctgtggatttcagggtgaatgtatcattctttttaatgaggagtgttttgtgcattagGTGCATGCTGATTTTGATGTTTATGGTGGGGCAATGGGATTGAGTTCATGTTGTTTATATGGCGGAGCTCCGTATCAAGGTCAGGAAATTAAGCTTAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT