1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...taacataagtttgacctgctgatatcttgttggcatcttgcttattcattcttattactaacttcttatatttgattgatgccatactctgaaaataaagGGGTGCTCTTATGGATGATGCTATGATATTACCATGTGGACATTCATTTGGTGGAGGTGGAATAGAGCATGCTATTAGAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G40060.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCACTCAGGGCAATTCTTTCAGATCCTGTCAC GGGTGCTCTTATGGATGATGCTATGATATTACCATGTGGACATTCATTTGG
genomic: GTCACTCAGGGCAATTCTTTCAGATCCTGTCACgtaagtctta ... gaaaataaagGGGTGCTCTTATGGATGATGCTATGATATTACCATGTGGACATTCATTTGG
tcattcttattactaacttcttatatttgattgatgccatactctgaaaataaagGGGTGCTCTTATGGATGATGCTATGATATTACCATGTGGACATTCATTTGGTGGAGGTGGAATAGAGCATGCTATTAGAATG
ttattactaacttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taacataagtttgacctgctgatatcttgttggcatcttgcttattcattcttattactaacttcttatatttgattgatgccatactctgaaaataaagGGGTGCTCTTATGGATGATGCTATGATATTACCATGTGGACATTCATTTGGTGGAGGTGGAATAGAGCATGCTATTAGAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - -ctgctga
- - - - - - - - - - - - - -tgttggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catactc