1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtacgcattgactgttttcctgcactacttgtttgtttcttctgtctgcacccaagtcatgctcctctctttagtttttaaaatgtgttgttgtttatgttagctagaaatcaaatataagttggaatttcttttaatgtttgaactggagtaacgctcctgatgatgatcttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACTCTTGGAGTTTGGTGCACAAGCTTAAGACATACTGAGGCCTTTTTGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G01360.1 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAEST: gi|254333171|gb|GR850421.1|GR850421
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTA
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACEST: gi|254317929|gb|GR832097.1|GR832097
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACEST: gi|58019435|gb|CX706177.1|CX706177
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACEST: gi|7924124|gb|AW830150.1|AW830150
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACEST: gi|254317928|gb|GR832096.1|GR832096
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACEST: gi|207764437|gb|GD735802.1|GD735802
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATTGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCCAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACEST: gi|57574880|gb|CX547855.1|CX547855
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACEST: gi|254330862|gb|GR842127.1|GR842127
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
EST: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAG GTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
genomic: TGCCTCCTTGAGGGATGAGTGGGCCCTAAAAAATCGCTACATTAGTCCAGgtacgcattg ... ttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTAC
atttcttttaatgtttgaactggagtaacgctcctgatgatgatcttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACTCTTGGAGTTTGGTGCACAAGCTTAAGACATACTGAGGCCTTTTTGATG
ttttaatgtttgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacgcattgactgttttcctgcactacttgtttgtttcttctgtctgcacccaagtcatgctcctctctttagtttttaaaatgtgttgttgtttatgttagctagaaatcaaatataagttggaatttcttttaatgtttgaactggagtaacgctcctgatgatgatcttaaatgtagGTCCAATTCAATTCACTGGCCGAGGATCTGATGCAATTAATCACACTTTACTCTTGGAGTTTGGTGCACAAGCTTAAGACATACTGAGGCCTTTTTGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT