Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttcagtctcatatccaactacagaacagattattgtaatcagtagtgagttttgattcgaactcttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGTGGTTTGGTTGCTGCTAATGTAATCCCTTCACCGTTCGACTATGCTGATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G37930.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125174121|gb|EL195227.1|EL195227
EST:     ATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: ATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|152033809|gb|BP816571.2|BP816571
EST:     GTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACANATCAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|124817152|gb|EH902018.1|EH902018
EST:     TGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAG
genomic: TGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAA-GCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAG
EST: gi|124717107|gb|EH808509.1|EH808509
EST:     TGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGACCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCA
genomic: TGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATG-CCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCA
EST: gi|125031704|gb|EL103973.1|EL103973
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAA
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAA
EST: gi|86042971|gb|DR338726.1|DR338726
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATAAGGCACACATCAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|125176816|gb|EL196117.1|EL196117
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAA
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAA
EST: gi|125193994|gb|EL208948.1|EL208948
EST:     AGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: AGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|116443767|gb|EG486359.1|EG486359
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|124731062|gb|EH822464.1|EH822464
EST:     GCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
genomic: GCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGT
EST: gi|124932356|gb|EL009624.1|EL009624
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAG
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAG
EST: gi|125209579|gb|EL224533.1|EL224533
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATG
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATG
EST: gi|125116701|gb|EL166137.1|EL166137
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAA
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAA
EST: gi|125315844|gb|EL329929.1|EL329929
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAA
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAA
EST: gi|116428932|gb|EG471524.1|EG471524
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACAC
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACAC
EST: gi|124785637|gb|EH875316.1|EH875316
EST:     CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAG                         GTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATAT
genomic: CTGGTGCAAGTGCTTATGCTAGATTGTATGACTATGCCCGCATCAGAAAGgtaatttcag ... cttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacagaacagattattgtaatcagtagtgagttttgattcgaactcttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGTGGTTTGGTTGCTGCTAATGTAATCCCTTCACCGTTCGACTATGCTGATG
                               ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                           ctcttttccc  putative PPT
          attattgtaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatttcagtctcatatccaactacagaacagattattgtaatcagtagtgagttttgattcgaactcttttcccagGTCTGTAACAAGCAAAAAGCTGTAATGCTAGCAGATATGGCACACATCAGTGGTTTGGTTGCTGCTAATGTAATCCCTTCACCGTTCGACTATGCTGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT