Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcaggaattttcaatctgacacatttagtttcaggacatgattgcttgaccaatctctgtaataagaattgaaatctcaagtaccttttgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTAGATCCTGAAAAGTGGGGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G37930.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86042978|gb|DR338733.1|DR338733
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|124758721|gb|EH848851.1|EH848851
EST:     AGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043013|gb|DR338768.1|DR338768
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042992|gb|DR338747.1|DR338747
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043016|gb|DR338771.1|DR338771
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|125225380|gb|EL239465.1|EL239465
EST:     GGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: GGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042985|gb|DR338740.1|DR338740
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|124800337|gb|EH890002.1|EH890002
EST:     GGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: GGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043011|gb|DR338766.1|DR338766
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042990|gb|DR338745.1|DR338745
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|124704294|gb|EH795696.1|EH795696
EST:     CTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: CTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042975|gb|DR338730.1|DR338730
EST:     AACAAAT-CAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGAT-CTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043008|gb|DR338763.1|DR338763
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043001|gb|DR338756.1|DR338756
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGNCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTG
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTG
EST: gi|125156861|gb|EL186257.1|EL186257
EST:     ATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGTACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTT
genomic: ATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAG-ACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTT
EST: gi|116444483|gb|EG487075.1|EG487075
EST:     AGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043018|gb|DR338773.1|DR338773
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|124932533|gb|EL009783.1|EL009783
EST:     GGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: GGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042997|gb|DR338752.1|DR338752
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAG
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAG
EST: gi|86043004|gb|DR338759.1|DR338759
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGNGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|125093716|gb|EL151255.1|EL151255
EST:     GATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: GATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043017|gb|DR338772.1|DR338772
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042998|gb|DR338753.1|DR338753
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042999|gb|DR338754.1|DR338754
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043015|gb|DR338770.1|DR338770
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042971|gb|DR338726.1|DR338726
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043012|gb|DR338767.1|DR338767
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|116433176|gb|EG475768.1|EG475768
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|116432208|gb|EG474800.1|EG474800
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042967|gb|DR338722.1|DR338722
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042987|gb|DR338742.1|DR338742
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|152038565|gb|AV830516.2|AV830516
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATNCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCCTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGC-TT
EST: gi|86042994|gb|DR338749.1|DR338749
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|125284998|gb|EL299083.1|EL299083
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACGTGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCT
EST: gi|86042966|gb|DR338721.1|DR338721
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042982|gb|DR338737.1|DR338737
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAAC-TTATGC
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGC
EST: gi|86043006|gb|DR338761.1|DR338761
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|124764255|gb|EH854385.1|EH854385
EST:     TACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: TACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042968|gb|DR338723.1|DR338723
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043014|gb|DR338769.1|DR338769
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|125273168|gb|EL287253.1|EL287253
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAG
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAG
EST: gi|86042976|gb|DR338731.1|DR338731
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|125315528|gb|EL329613.1|EL329613
EST:     CAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATTATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTT
genomic: CAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTA-TATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTT
EST: gi|125275669|gb|EL289754.1|EL289754
EST:     TACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: TACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042969|gb|DR338724.1|DR338724
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|124712013|gb|EH803415.1|EH803415
EST:     TCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: TCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042970|gb|DR338725.1|DR338725
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAWGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042984|gb|DR338739.1|DR338739
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTAT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTAT
EST: gi|86042993|gb|DR338748.1|DR338748
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86042995|gb|DR338750.1|DR338750
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAG
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAG
EST: gi|86042988|gb|DR338743.1|DR338743
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043000|gb|DR338755.1|DR338755
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACC
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACC
EST: gi|86043009|gb|DR338764.1|DR338764
EST:     AACAAATACAGTGAANGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043010|gb|DR338765.1|DR338765
EST:     ACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCT
genomic: ACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGG-TGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCT
EST: gi|116428932|gb|EG471524.1|EG471524
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGTCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|86043005|gb|DR338760.1|DR338760
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
EST: gi|124725464|gb|EH816866.1|EH816866
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGG                         GTATATAGACATGGCAGAAACCT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCT
EST: gi|86042972|gb|DR338727.1|DR338727
EST:     AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGA                         GTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT
genomic: AACAAATACAGTGAAGGCTATCCTGGTGCCAGATACTATGGAGGAAATGAgtatgttcag ... tgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttgaccaatctctgtaataagaattgaaatctcaagtaccttttgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTAGATCCTGAAAAGTGGGGAG
 gcttgac  putative branch site (score: 4)
                                        ccttttgcttt  putative PPT
                taataagaattgaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttcaggaattttcaatctgacacatttagtttcaggacatgattgcttgaccaatctctgtaataagaattgaaatctcaagtaccttttgctttgtagGTATATAGACATGGCAGAAACCTTATGCCAGAAGCGCGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTAGATCCTGAAAAGTGGGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC