Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtcttcttcatcttttgtctatttggttcttaatgaatgtgaaaatgactatctaataactctttggtgttgtgtttgagatagGTACTTAAAGCTGTGGTGCATGGAGATTCAGTTATGTTTAGAGAGAATCCTGAGCTAATGGATGCTTATGTATGGGTTTATTTCCATTCAAGCACACCTA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G44000.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124780426|gb|EH870369.1|EH870369
EST:     ATGTTGCTGCTGAGCTTAGGTATCATATTTTCTCCAAGGAATTGCCTTTG                         GTACTTAAAGCTGTGGTGCATGGAGATTCAGTTATGTTTAGAGAGAA
genomic: ATGTTGCTGCTGAGCTTAGGTATCATATTTTCTCCAAGGAATTGCCTTTGgttagtcttc ... tttgagatagGTACTTAAAGCTGTGGTGCATGGAGATTCAGTTATGTTTAGAGAGAA
EST: gi|125270636|gb|EL284721.1|EL284721
EST:     AGGAATTGCCTTTG                         GTACTTAAAGCTGTGGTGCATGGAGATTCAGTTATGTTTAGAGAGAATCCT
genomic: AGGAATTGCCTTTGgttagtcttc ... tttgagatagGTACTTAAAGCTGTGGTGCATGGAGATTCAGTTATGTTTAGAGAGAATCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatgaatgtgaaaatgactatctaataactctttggtgttgtgtttgagatagGTACTTAAAGCTGTGGTGCATGGAGATTCAGTTATGTTTAGAGAGAATCCTGAGCTAATGGATGCTTATGTATGGGTTTATTTCCATTCAAGCACACCTA
                        taataac  putative branch site (score: 1)
                    tatctaataa  TA-rich tract