Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATTGTAGAAGACAACACATTTCTTTGCATATTACATCCTGCTATGATGTTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgcttgttttcatttcatggttgtactcactacttgcaacttgcggtatactatactgatgaataacctttaacctttatattag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G897073_T03
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37390826|gb|CF632648.1|CF632648
EST:     ACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: ACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|60349028|gb|DN216001.1|DN216001
EST:     TTCTGAACTATGATTGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|7304579|gb|AW600518.1|AW600518
EST:     CGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: CGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|60352575|gb|DN219548.1|DN219548
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|60349238|gb|DN216211.1|DN216211
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|211510840|gb|FL479753.1|FL479753
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGMGCTATT                         GTTGACATGGAMGAAATGGTGGCAGCACCRGCTTAGTATGGACWACNACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|37383694|gb|CF628872.1|CF628872
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|211504550|gb|FK951737.1|FK951737
EST:     TCTGAACTATGATGGGTTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TCTGAACTATGATGGGTT-CAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|60347176|gb|DN214149.1|DN214149
EST:     TTCTGAACTATGATTGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|60342668|gb|DN209641.1|DN209641
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|33942575|gb|CF349175.1|CF349175
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|93017541|gb|EB643061.1|EB643061
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|33942583|gb|CF349183.1|CF349183
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
EST: gi|60348614|gb|DN215587.1|DN215587
EST:     TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATT                         GTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG
genomic: TTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 372

TTATTGTAGAAGACAACACATTTCTTTGCATATTACATCCTGCTATGATGTTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTGAAATCTCCTACAGAAGTTGTTTCTAATGTGCTATTGAGCTCCATTGTGT


Block sizes: 43 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 59

TTATTGTAGAAGACAACACATTTCTTTGCATATTACATCCTGCTATGATGTTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTGAAATCTCCTACAGAAGTTGTTTCTAATGTGCTATTGAGCTCCATTGTGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 60

TTATTGTAGAAGACAACACATTTCTTTGCATATTACATCCTGCTATGATGTTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTGAAATCTCCTACAGAAGTTGTTTCTAATGTGCTATTGAGCTCCATTGTGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 118

TTATTGTAGAAGACAACACATTTCTTTGCATATTACATCCTGCTATGATGTTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgctt ... tttatattagGTTGACATGGAAGAAATGGTGGCAGCACCAGCTTAGTATGGACAACAACTGAAATCTCCTACAGAAGTTGTTTCTAATGTGCTATTGAGCTCCATTGTGT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATTGTAGAAGACAACACATTTCTTTGCATATTACATCCTGCTATGATGTTCTGAACTATGATGGGTTCAACGGGTGCCATTTTTCTCTTAGAGCTATTgtaagtgcttgttttcatttcatggttgtactcactacttgcaacttgcggtatactatactgatgaataacctttaacctttatattag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT