1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tcagttcgtcatgtttttgggaattggttaatagtcattgaccctataactaaacaacttactttcaattttgtgcggggcaatactaatgtttttacagGTGATCTTCGGGGGGAACATAATGGCTTAGGTTTTGGACCAAGCTACAGAAAAGGCTTAGGTTTTGAACCAAGCTACAGAAAAGTGAAGAGGAAGATGAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G895840_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCATCATGAACTAATGGGGAACGTCATTTGCAGATTTTACTTGACCAAG GTGATCTTCGGGGGGAACATAATGGCTTAGGTTTTGGACCAAGCTACAGAA
genomic: AGCATCATGAACTAATGGGGAACGTCATTTGCAGATTTTACTTGACCAAGgtatgcatca ... gtttttacagGTGATCTTCGGGGGGAACATAATGGCTTAGGTTTTGGACCAAGCTACAGAA
ataactaaacaacttactttcaattttgtgcggggcaatactaatgtttttacagGTGATCTTCGGGGGGAACATAATGGCTTAGGTTTTGGACCAAGCTACAGAAAAGGCTTAGGTTTTGAACCAAGCTACAGAAAAGTGAAGAGGAAGATGAC
tactaat putative branch site (score: 1)
tgttttt CT-rich tract
aatactaatgttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcagttcgtcatgtttttgggaattggttaatagtcattgaccctataactaaacaacttactttcaattttgtgcggggcaatactaatgtttttacagGTGATCTTCGGGGGGAACATAATGGCTTAGGTTTTGGACCAAGCTACAGAAAAGGCTTAGGTTTTGAACCAAGCTACAGAAAAGTGAAGAGGAAGATGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG