1 5' 3' |
...cgactcgccgctaggtgtttaattcgctatcttgtagcaatatttaggtttgtaatattcatgtatatatgcattcatgtgcataatgcatttcattcagGTACGTGAATTAACCACGTGATGCGGAGAACCAGAACTGAGTCGACCACAAGATATCGCTACGCGTGAGTTTCTCCAGAAGATGAAGCTGATGAACTAAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G872150_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aggtttgtaatattcatgtatatatgcattcatgtgcataatgcatttcattcagGTACGTGAATTAACCACGTGATGCGGAGAACCAGAACTGAGTCGACCACAAGATATCGCTACGCGTGAGTTTCTCCAGAAGATGAAGCTGATGAACTAAA
tttcattc CT-rich tract
taatattcatgtatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgactcgccgctaggtgtttaattcgctatcttgtagcaatatttaggtttgtaatattcatgtatatatgcattcatgtgcataatgcatttcattcagGTACGTGAATTAACCACGTGATGCGGAGAACCAGAACTGAGTCGACCACAAGATATCGCTACGCGTGAGTTTCTCCAGAAGATGAAGCTGATGAACTAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - gccgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcata