1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctaacctactgcctatccaacttatttggaactaaaagactttgccattgttgttaccataggatttatgcacctaaaaccttttccccttaattgcaagGTTCTACAAAACCATTTACAAGCGTCAGGAAATGTCCTGGATGCTGCGATCAGAGCATACAAAGATTATTTGGCAGAAAGAAGCAAAGAATCTGCTTCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G862355_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGACCCGGTCGAGGCACTCCATCTCATCTTCCCGGGCGAGGATCGGCAG GTTCTACAAAACCATTTACAAGCGTCAGGAAATGTCCTGGATGCTGCGATCEST: gi|211233343|gb|FL010032.1|FL010032
genomic: TCGACCCGGTCGAGGCACTCCATCTCATCTTCCCGGGCGAGGATCGGCAGgtgcgtcgat ... taattgcaagGTTCTACAAAACCATTTACAAGCGTCAGGAAATGTCCTGGATGCTGCGATC
EST: TCGACCCGGTCGAGGCACTCCATCTCATCTTCCCGGGCGAGGATCGGCAG GTTCTACAAAACGATTTACAAGCGTCAGGAAATGTCCTGGATGCTGCGATC
genomic: TCGACCCGGTCGAGGCACTCCATCTCATCTTCCCGGGCGAGGATCGGCAGgtgcgtcgat ... taattgcaagGTTCTACAAAACCATTTACAAGCGTCAGGAAATGTCCTGGATGCTGCGATC
cattgttgttaccataggatttatgcacctaaaaccttttccccttaattgcaagGTTCTACAAAACCATTTACAAGCGTCAGGAAATGTCCTGGATGCTGCGATCAGAGCATACAAAGATTATTTGGCAGAAAGAAGCAAAGAATCTGCTTCTG
ccttttccccttaatt CT-rich tract
atttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctaacctactgcctatccaacttatttggaactaaaagactttgccattgttgttaccataggatttatgcacctaaaaccttttccccttaattgcaagGTTCTACAAAACCATTTACAAGCGTCAGGAAATGTCCTGGATGCTGCGATCAGAGCATACAAAGATTATTTGGCAGAAAGAAGCAAAGAATCTGCTTCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - -ctactgc
- - - - - - - - - - - - - - -aactaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgcac