1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gtaattttcttggttgccttgtaataccaggttactatagttgtctgcatcgagactgttttgtgtcttcaactaagaaaaaactctccatggtttgcagAACCAAGCCAAGAAAACAGATATCAACTGTGACGCCACACTCAAAAGCTTGTTTGGTGGGAGGGACAAGGTTGGGATGCTGGAGATCTCCGAGCTTTTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G859148_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGGCTCAAACAAAGTGTGATAGTGAAAGTCATTTTGCTTCCAGCTTAAG AACCAAGCTAAGAAAACAGATATCAACTGTGACGCCACACTCAAAEST: gi|113840389|gb|DW965275.1|DW965275
genomic: TGGGCTCAAACAAAGTGTGATAGTGAAAGTCATTTTGCTTCCAGCTTAAGgtcagttaat ... tggtttgcagAACCAAGCCAAGAAAACAGATATCAACTGTGACGCCACACTCAAA
EST: GTGAAAGTCATTTTGCTTCCAGCTTAAG AACCAAGCCAAGAAAACAGATATCAACTGTGACGCCACACTCAAAAGCTTG
genomic: GTGAAAGTCATTTTGCTTCCAGCTTAAGgtcagttaat ... tggtttgcagAACCAAGCCAAGAAAACAGATATCAACTGTGACGCCACACTCAAAAGCTTG
tgcatcgagactgttttgtgtcttcaactaagaaaaaactctccatggtttgcagAACCAAGCCAAGAAAACAGATATCAACTGTGACGCCACACTCAAAAGCTTGTTTGGTGGGAGGGACAAGGTTGGGATGCTGGAGATCTCCGAGCTTTTGA
ctctccat CT-rich tract
taagaaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattttcttggttgccttgtaataccaggttactatagttgtctgcatcgagactgttttgtgtcttcaactaagaaaaaactctccatggtttgcagAACCAAGCCAAGAAAACAGATATCAACTGTGACGCCACACTCAAAAGCTTGTTTGGTGGGAGGGACAAGGTTGGGATGCTGGAGATCTCCGAGCTTTTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - tggttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaaa