1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttagtgtaatgttttatcattgtatttgagccaatagttggttggtttgtgctggctttcttcaacatatacttaaacttttgggaaacctgttttacagGCCCACAACCTCATTGGGTGTTGCCTTCAGCTATATATGAACCAGAAAGAAGTGGTGGACACCCTATCTCTCTAGGCAAAAAAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G837445_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tttgtgctggctttcttcaacatatacttaaacttttgggaaacctgttttacagGCCCACAACCTCATTGGGTGTTGCCTTCAGCTATATATGAACCAGAAAGAAGTGGTGGACACCCTATCTCTCTAGGCAAAAAAA
cctgtttt CT-rich tract
atatacttaaactttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttagtgtaatgttttatcattgtatttgagccaatagttggttggtttgtgctggctttcttcaacatatacttaaacttttgggaaacctgttttacagGCCCACAACCTCATTGGGTGTTGCCTTCAGCTATATATGAACCAGAAAGAAGTGGTGGACACCCTATCTCTCTAGGCAAAAAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - tgtattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgctgg