1 5' 3' | 2 5' 3' |
...ttcgagtttttgcctgagtcagtcagtcggtcggtcgtctggcaaataaaacaagaaactactacaaactgactgacatgtctgcttgcgcgcgttgcagTCTTGCTGGTCTGTGCTGCTGCTGCTTACTGGAGCGATGCTGCATCTAAGGAGGATGGCGTGCAGTGCTGCTGCCTGGAGCACGCATGTATGCAGCAGTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G836308_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ataaaacaagaaactactacaaactgactgacatgtctgcttgcgcgcgttgcagTCTTGCTGGTCTGTGCTGCTGCTGCTTACTGGAGCGATGCTGCATCTAAGGAGGATGGCGTGCAGTGCTGCTGCCTGGAGCACGCATGTATGCAGCAGTG
gactgac putative branch site (score: 1)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcgagtttttgcctgagtcagtcagtcggtcggtcgtctggcaaataaaacaagaaactactacaaactgactgacatgtctgcttgcgcgcgttgcagTCTTGCTGGTCTGTGCTGCTGCTGCTTACTGGAGCGATGCTGCATCTAAGGAGGATGGCGTGCAGTGCTGCTGCCTGGAGCACGCATGTATGCAGCAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - tgcctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgacatg