1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gagctaccagttgcccctcggaagttatgtatttcctacggtttgttataaaagctgtaggaaattaaaaaaccgtaggaagtgtatgtttttggtgtagTGTGGGTTACCATTTGCTGAAGATCTCACTGGCATTGATTCTGTCCATCTCGCTGGAGAGGGTCCTGATGCTGAATCACTTGAAGGTTCTTTAAATGTCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G807791_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttataaaagctgtaggaaattaaaaaaccgtaggaagtgtatgtttttggtgtagTGTGGGTTACCATTTGCTGAAGATCTCACTGGCATTGATTCTGTCCATCTCGCTGGAGAGGGTCCTGATGCTGAATCACTTGAAGGTTCTTTAAATGTCG
tgttttt CT-rich tract
taggaaattaaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagctaccagttgcccctcggaagttatgtatttcctacggtttgttataaaagctgtaggaaattaaaaaaccgtaggaagtgtatgtttttggtgtagTGTGGGTTACCATTTGCTGAAGATCTCACTGGCATTGATTCTGTCCATCTCGCTGGAGAGGGTCCTGATGCTGAATCACTTGAAGGTTCTTTAAATGTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - -cagttgc
- - - - - - - - - - - - -tatgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtatg