1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aatgtggtgcaagtagtcactgacaatgcctctaacaacatgggagcaaagaagctattgcttgagaagagaccacaaatattttggacctcttgtgcagCTCACACAATCAACTTGATGCTCCAAGGAATTGGCAACTTGCCTCGGTTCAAGAAAGTGATTGACCAAGCAAAGTCATTTACCATATTTGTGTATGGCTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G467391_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gcaaagaagctattgcttgagaagagaccacaaatattttggacctcttgtgcagCTCACACAATCAACTTGATGCTCCAAGGAATTGGCAACTTGCCTCGGTTCAAGAAAGTGATTGACCAAGCAAAGTCATTTACCATATTTGTGTATGGCTA
cctcttgt CT-rich tract
acaaatatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatgtggtgcaagtagtcactgacaatgcctctaacaacatgggagcaaagaagctattgcttgagaagagaccacaaatattttggacctcttgtgcagCTCACACAATCAACTTGATGCTCCAAGGAATTGGCAACTTGCCTCGGTTCAAGAAAGTGATTGACCAAGCAAAGTCATTTACCATATTTGTGTATGGCTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- -gtggtgc
- - - - - - - - - - - -caatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - -aacaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccacaaa