Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGGTAGTTGTTGACCTTCCTGGCTTACTGGACGGCGCTCATCGTGGTTATGGTTTGGGTCATGAGTTCCTAAGGCATAGTGAGCGATGCTCTGTATTGgtatgttcccttttcccttttttactctaatcttattatatgagtcaaattccatatggttatgaaaataccagtcataatattatatatcttggcatggtatggctgtgctgatagttgttttatggattgttggagcattag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G401291_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G401291_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g47300.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AATGGTAGTTGTTGACCTTCCTGGCTTACTGGACGGCGCTCATCGTGGTTATGGTTTGGGTCATGAGTTCCTAAGGCATAGTGAGCGATGCTCTGTATTGgtatgttcccttttcccttttttactct------aatct--tattatatgagtcaaattccatatggttatgaaaataccagtcataat--attatat-atcttggcatggtatg---gctgtgctgatagttgttt-tatggattgttggagcattag
||||||||| |  ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||| |||| || || |||||||||||| | |  | || | | || |       ||||  |||  | | |||| |  ||  |   || |||   ||   | |  |  |  | ||||| || || | |  |||||   | | |  || |  |||||| | |   | ||| | |  ||||
AATGGTAGTCGCAGACCTTCCTGGATTGCTGGAAGGTGCTCACCGTGGATATGGCTTGGGGCATGAGTTTTTAAGGCATAGTGAGAGATGTTCAGTGTTGgtatgttccttctctctttctctcctttctttaggatctactatgttttaagtccacatctcttatgtcatggttatcttatttctcctcgaatatatgatattagaaatgtatgtgcgatttattggttattgtttatttttctggtttgggtcttag