Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTAAGGATGGAGGTCCTCTGCAATGACTGCCCGGCTGGCGGTGTTGGCATTTACAACCCTGGATTCTGGGGCATGgtagtgttttcccctaataacacatcaacgcttcgatattttatttcgtttttctcacgacattcagtaggtctcgattatgtattttatttcttggtac...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G393002_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G393002_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os12g03470.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTAAGGATGGAGGTCCTCTGCAATGACTGCCCGGCTGGCGGTGTTGGCATTTACAACCCTGGATTCTGGGGCATGgtagtgttttcccctaataacacatcaacgcttcgatattttatttcgtttttctcacgacattcagtaggtctcgattatgtattttatttcttggtac----------
|||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||  |  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  | |||         |   ||    | |||  || ||| |||   |  |   ||  |   || |  |      ||    ||   ||| | | |||           
ATGTTTCAGTCGGAATACTGTTGCTCTAAGGATGGAGGTTCTCTGTGACAATTGCCCAGCTGGTGGTGTTGGCATTTATAACCCAGGATTCTGGGGCATGgtatgggttt---------atgtattgttg-ttctttagtttgttttcctcatagtactgctaccattttgctgtattttctcatgaaattacctagtaaatcatggacc

upper sequence: GRMZM2G393002_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os11g03730.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTAAGGATGGAGGTCCTCTGCAATGACTGCCCGGCTGGCGGTGTTGGCATTTACAACCCTGGATTCTGGGGCATGgtagtgttttcccctaataacacatcaacgcttcgatattttatttcgtttttctcacgacattcagtaggtctcgattatgtattttatttcttggtac----------
|||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||  || | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||  |  ||         | | |||   | |||  || ||| |||   |      |   |   || |   | ||  ||    ||   |||     |||           
ATGTTTTAGTCGGAATACTGTTGCTCTAAGGATGGAGGTTCTCTGTGATAATTGCCCAGCTGGTGGTGTTGGCATTTATAACCCAGGGTTCTGGGGCATGgtatgggctt---------atatatcgttg-ttctttagtttgttttcctcacagtattgctgccattttctttccttttctcataaaattaacaagtaaatcatggacc