Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...taggtggcgtcgtcacagttttatgagcatttggggacaagctcttgaagcagtatttggttgctaacccaaagatcaaggtttgtgttttttggctcagCAAACAAGCAGAGAGAAGAGCCCCCCTAGAAAGCCCGAATGCAAATTCCTTGGGATTTGGCTTGGAAGATCATTATTTATTTGGTGCAGGAGGAGGTGGT
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tgaagcagtatttggttgctaacccaaagatcaaggtttgtgttttttggctcagCAAACAAGCAGAGAGAAGAGCCCCCCTAGAAAGCCCGAATGCAAATTCCTTGGGATTTGGCTTGGAAGATCATTATTTATTTGGTGCAGGAGGAGGTGGT
tgctaac putative branch site (score: 1)
tgtttttt putative PPT
tgtttttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
taggtggcgtcgtcacagttttatgagcatttggggacaagctcttgaagcagtatttggttgctaacccaaagatcaaggtttgtgttttttggctcagCAAACAAGCAGAGAGAAGAGCCCCCCTAGAAAGCCCGAATGCAAATTCCTTGGGATTTGGCTTGGAAGATCATTATTTATTTGGTGCAGGAGGAGGTGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - gcatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaagcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgttt