Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattctgttttgttttgaccaaccctgatgctatgcttaatcttggttcaagttaaagtgaaatggtttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G181269_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211260677|gb|FL463486.1|FL463486
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211160134|gb|FL193299.1|FL193299
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211402379|gb|FL353785.1|FL353785
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATC
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATC
EST: gi|211454131|gb|FL273546.1|FL273546
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|71771826|gb|DR969763.1|DR969763
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|28188088|gb|CB179698.1|CB179698
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATTCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211168450|gb|FL323241.1|FL323241
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|5608494|gb|AI902161.1|AI902161
EST:     GCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|37386467|gb|CF630419.1|CF630419
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|71771825|gb|DR969762.1|DR969762
EST:     GTTCTGGGTTTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|111433742|gb|EE297960.1|EE297960
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|116822997|gb|EC866472.1|EC866472
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211456251|gb|FL273550.1|FL273550
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|29945481|gb|CB815661.1|CB815661
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|18178637|gb|BM379847.1|BM379847
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|29945483|gb|CB815662.1|CB815662
EST:     CTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGACATGGA
genomic: CTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211350035|gb|FL354318.1|FL354318
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCAT
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCAT
EST: gi|211454128|gb|FL273543.1|FL273543
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211454132|gb|FL273547.1|FL273547
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211171532|gb|FL306313.1|FL306313
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
EST: gi|211454130|gb|FL273545.1|FL273545
EST:     GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTG                         GGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA
genomic: GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 395

GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGACATGGGAATGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 382

GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGACATGGGAATGAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 498

GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGACATGGGAATGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 454

GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattct ... atggtttcagGGTTTGCGTCATCCTTGGGATGGGCATGATGACCACTCTCATGGTCATGGACATGGGAATGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCTGGGTCTTCTACAGGGCTAAGCAGGATGGTGCTACGCTCTTGgtaatattctgttttgttttgaccaaccctgatgctatgcttaatcttggttcaagttaaagtgaaatggtttcag

- - - - - - - - - - - - - AGGATG