1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
AGGTCATGGTGCCATCGTTCCTCATCTTGGGAAATTCTATGGCATTCTGAATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacactttattattcgtatgcatttttcttctattggtttacatttattccaaaagcttttccccttccctttctctctctttctctttttggtaacat...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G141399_T01 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGEST: gi|31352858|gb|CD437215.1|CD437215
genomic: TATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: ATGGAATTGATCCGGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGEST: gi|31361027|gb|CD445384.1|CD445384
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: ATGGAATTGATCCGGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGEST: gi|31357767|gb|CD442124.1|CD442124
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: ATGGAATTGATCCGGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGEST: gi|67022688|gb|CO451437.1|CO451437
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: GGGATTGATCCAGATATATGGGATCCCCGTACA-TGACA-CTTTATCCCN GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGNTTGAAEST: gi|67014870|gb|CO443619.1|CO443619
genomic: GGAATTGATCCAGATATATGGGATCC--GTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGG-TTGAA
EST: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGEST: gi|37419287|gb|CF647322.1|CF647322
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGEST: gi|24769423|gb|CA404552.1|CA404552
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: ATGGAATTGATCCGGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGTCATGGTGCCATCGTTCCTCATCTTGGGAAATTCTATGGCATTCTGAATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacactttattattcgtatgcatttttcttctattggtttacatttattccaaaagcttttccccttccctttctctctctttctctttttggtaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccccttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctctctc