1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaccgtcactcttgccaccctagtcgcgggaccatcatatgtcctgtcctgaataagtccgctgatcgagacatagatcagttaggatcgagaggctgaaccgtttgctgttgctctgttttgatctcctgcgtgcagTTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGGAGGCCACAGCGGCCAAGCCGAAGAAGGCCGCGGCGCTGCCGCTGCCGGAGATGATGCAGGAGGAGATCAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G128072_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCCTCCTGCTCGGCCGTGCCGGTGCAGGAGTCGTCCACCTCCACCGCTG TTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGGAGGCCACAGCGGCCAAGCCGAEST: gi|211306885|gb|FL375939.1|FL375939
genomic: CGCCTCCTGCTCGGCCGTGCCGGTGCAGGAGTCGTCCACCTCCACCGCTGgtaccgtcac ... ctgcgtgcagTTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGGAGGCCACAGCGGCCAAGCCGA
EST: CGCCTCCTGCTCGGCCGTGCCGGTGCAGGAGTCGTCCACCTCCACCGCTG TTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGEST: gi|78080697|gb|DV509109.1|DV509109
genomic: CGCCTCCTGCTCGGCCGTGCCGGTGCAGGAGTCGTCCACCTCCACCGCTGgtaccgtcac ... ctgcgtgcagTTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAG
EST: CGCCTCCTGCTCGGCCGTGCCGGTGCAGGAGTCGTCCACCTCCACCGCTG TTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGGAGGCCACAGCGGCCAAGCCGA
genomic: CGCCTCCTGCTCGGCCGTGCCGGTGCAGGAGTCGTCCACCTCCACCGCTGgtaccgtcac ... ctgcgtgcagTTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGGAGGCCACAGCGGCCAAGCCGA
aggatcgagaggctgaaccgtttgctgttgctctgttttgatctcctgcgtgcagTTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGGAGGCCACAGCGGCCAAGCCGAAGAAGGCCGCGGCGCTGCCGCTGCCGGAGATGATGCAGGAGGAGATCAT
ttttgat putative branch site (score: 4)
tctcctgc CT-rich tract
ttttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaccgtcactcttgccaccctagtcgcgggaccatcatatgtcctgtcctgaataagtccgctgatcgagacatagatcagttaggatcgagaggctgaaccgtttgctgttgctctgttttgatctcctgcgtgcagTTAGCAAGAAGAAGGACGGTGCCAATAAGGAGGCCACAGCGGCCAAGCCGAAGAAGGCCGCGGCGCTGCCGCTGCCGGAGATGATGCAGGAGGAGATCAT
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