Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaggactcccttccataaagagtaatcttggtcttcatttgtcagaacaaatgaaatgtttagtgcctattccaaataaactagagagttaacataatgttatatacttctacttatttatggcctttggtaattgacgtatgcttattgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCTTGCCCTGCAACTTGGTTTGAAACCAGGAATGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G122810_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G122810_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g10600.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgaggactcccttccataaagagtaatcttggtcttcatttgtcagaacaaatgaaatgtttagtgcctattccaaataaactagagagttaacataatgttatatacttctacttatttatggcctttggtaattgacgtatgctt-attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCTTGCCCTGCAACTTGGTTTGAAACCAGGAATGAAG
                                         ||   |    |  || ||  |  ||||  |||  ||  |||   ||||    |  | | ||| |  |  |   || |  | | |     |  | ||| | | | | | | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||
----------------------------------------gtgagggttttagagagatcatctgtgctcattgtaatgaaatacgagaacgtagttgaagttttgcatattacctgacatctagtgacagaaacttgtcatgttcctgaatgttttagATGGAATGGAGAATCCCTACGTGAAAGCATTAAGCGACATGAGCACTTTCTTGCCCTTCAGCTTGGAGTGAAACCAGGAATGAAG

upper sequence: GRMZM2G122810_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S505_2V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
gtgaggactcccttccataaagagtaatcttggtcttcatttgtcagaacaaatgaaatgtttagtgcctattccaaataaactagagagttaacataatgttatatacttctacttatttatggcctttggtaattgacgtatgcttattgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCTTGCCCTGCAACTTGGTTTGAAACCAGGAATGAAG
                                                       |    |||  |   ||    | |     | |||||||     |     |  | |     | |  | |||||   |   |||  | | ||| |  |      ||||||   || ||| |  | ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||  |||| |||  |||||||||||||||||||
-------------------------------------------------------atgattttgttatttacatgatactc-ttcgagagttctgcaagcagcacgtgccaa-gcattgtcatggctcatctgaatgtatg-atgttattaaccgcagATGGCGCGGGGAAACGCTTCGTGAAAGCATTAAACGACACGAGCATTTTCTGGCTTTGCATCTTCATTTGAAACCAGGAATGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|4753446|gb|AI657356.1|AI657356
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|67020577|gb|CO449326.1|CO449326
EST:     TGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCC-CTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: TGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|32851180|gb|CD990861.1|CD990861
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|60352650|gb|DN219623.1|DN219623
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|67013084|gb|CO441833.1|CO441833
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|211139230|gb|FL244381.1|FL244381
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCNTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGC
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCC-TTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGC
EST: gi|32851344|gb|CD991025.1|CD991025
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|211026098|gb|FK990070.1|FK990070
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCGTCAAGCGGCATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|6021179|gb|AW066107.1|AW066107
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGNTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|6564046|gb|AW231668.1|AW231668
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGNTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAG
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAG
EST: gi|211026097|gb|FK990069.1|FK990069
EST:     ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: ACTAGCTTCTATGAGTATGGTTGGGGTGAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
EST: gi|18659395|gb|BM500315.1|BM500315
EST:     GAATCCTTCCACTTTGCTCACAG                         ATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT
genomic: GAATCCTTCCACTTTGCTCACAGgtgaggactc ... attgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatacttctacttatttatggcctttggtaattgacgtatgcttattgtgttagATGGAATGGAGAATCCTTACGTGAAAGCATCAAGCGACATGAGCATTTTCTTGCCCTGCAACTTGGTTTGAAACCAGGAATGAAG
                              aattgac  putative branch site (score: 3)
      ttctacttatttat  TA-rich tract