Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatttagcttacatgagataatgtgtttgataattaatatcctaccattcaaatgtctatatctatgtatcttataaaagcaaaccccactagctttcaatctcaacatttaaggctttcaacatgcttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G116700_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37387145|gb|CF630765.1|CF630765
EST:     TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG                         ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: gi|78023115|gb|DV491502.1|DV491502
EST:     TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG                         ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: gi|67027006|gb|CO455755.1|CO455755
EST:     TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG                         ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: gi|4730299|gb|AI649465.1|AI649465
EST:     TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG                         ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: gi|7137977|gb|AW499367.1|AW499367
EST:     TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG                         ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: gi|4730274|gb|AI649440.1|AI649440
EST:     TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG                         ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 26

GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGCGTGTGTAGCTGAATTCTTTCATTTCTCCATCCTGAGTTCTTTACCTCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 156

GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGCGTGTGTAGCTGAATTCTTTCATTTCTCCATCCTGAGTTCTTTACCTCT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 128

GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGCGTGTGTAGCTGAATTCTTTCATTTCTCCATCCTGAGTTCTTTACCTCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 140

GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGCGTGTGTAGCTGAATTCTTTCATTTCTCCATCCTGAGTTCTTTACCTCT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatttagcttacatgagataatgtgtttgataattaatatcctaccattcaaatgtctatatctatgtatcttataaaagcaaaccccactagctttcaatctcaacatttaaggctttcaacatgcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA