1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ctcctctggcttattctgatacaactctcttaactatatgatggtactatcttctaatgcccacttatatgtgtcaccctgacatttttctcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCCGATATATGATGTAGCTGCGATACTCACGTCAATCCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G110983_T03 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|37400480|gb|CF637593.1|CF637593
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|50323647|gb|CO518773.1|CO518773
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|37376281|gb|CF624651.1|CF624651
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGA-TTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|37384502|gb|CF629329.1|CF629329
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|37390719|gb|CF632593.1|CF632593
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|33104117|gb|CF064077.1|CF064077
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAATA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|148995969|gb|EE035217.2|EE035217
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCEST: gi|32846308|gb|CD985989.1|CD985989
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
EST: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACA TTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
genomic: AAACAAACCACCAACTGTGCGATTTGTTTCTAGGATGTTCCATCCTAACAgtaagttgtt ... tcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTC
actatcttctaatgcccacttatatgtgtcaccctgacatttttctcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCCGATATATGATGTAGCTGCGATACTCACGTCAATCCAG
catttttctc CT-rich tract
acttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcctctggcttattctgatacaactctcttaactatatgatggtactatcttctaatgcccacttatatgtgtcaccctgacatttttctcatatgcagTTTATGCTGATGGAAGCATATGCTTAGATATCCTGCAGAATCAGTGGAGTCCGATATATGATGTAGCTGCGATACTCACGTCAATCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC