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1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCGTATACCCAGGCGGCGGTTGAGGAAGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGATGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgccgttgctgtttcccatctgatcgttcattcggtttctatcgatcggagaattgggtcatcggggatggatggatggatctgacgggatttgccgatcccggtgtcgcgcgcgtccatggatcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G103617_T02
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211157911|gb|FL147769.1|FL147769
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211161098|gb|FL147791.1|FL147791
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211156308|gb|FL147751.1|FL147751
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|32790992|gb|CD943228.1|CD943228
EST:     GATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCCTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: GATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211159507|gb|FL147779.1|FL147779
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCNGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGC-TTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211159511|gb|FL147783.1|FL147783
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211161108|gb|FL147801.1|FL147801
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211159506|gb|FL147778.1|FL147778
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGC-TTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211159514|gb|FL147786.1|FL147786
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|113703323|gb|EE680827.1|EE680827
EST:     GGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: GGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211157914|gb|FL147772.1|FL147772
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211157906|gb|FL147764.1|FL147764
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|17970268|gb|BM277031.1|BM277031
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCCTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211161104|gb|FL147797.1|FL147797
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|32803019|gb|CD955255.1|CD955255
EST:     GATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCCTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: GATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211157907|gb|FL147765.1|FL147765
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
EST: gi|211157904|gb|FL147762.1|FL147762
EST:     TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAG                         GTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC
genomic: TGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 31

CGCGTATACCCAGGCGGCGGTTGAGGAAGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGATGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTACCAGCTTGTGCGCAACATCACGGGCAACCCCGAGGTGCGGGTGACCAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 604

CGCGTATACCCAGGCGGCGGTTGAGGAAGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGATGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTACCAGCTTGTGCGCAACATCACGGGCAACCCCGAGGTGCGGGTGACCAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 573

CGCGTATACCCAGGCGGCGGTTGAGGAAGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGATGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTACCAGCTTGTGCGCAACATCACGGGCAACCCCGAGGTGCGGGTGACCAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 182

CGCGTATACCCAGGCGGCGGTTGAGGAAGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGATGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgc ... catggatcagGTGTACCCGCTGTTCGTGCCGATGGCCGTGGCCTTGGGCATCTGCTCGTACCAGCTTGTGCGCAACATCACGGGCAACCCCGAGGTGCGGGTGACCAAGG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CGCGTATACCCAGGCGGCGGTTGAGGAAGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGATGGCTTCCTCCGCATACGCCTCATGGTCCAAGCGGTGGATCCGTCCCGAGgtacgtacgccgttgctgtttcccatctgatcgttcattcggtttctatcgatcggagaattgggtcatcggggatggatggatggatctgacgggatttgccgatcccggtgtcgcgcgcgtccatggatcag

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