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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGCAAGTTTCACCACCCCATCAGTCGTTTTGCCCCGCATTCCAAAGAAAACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgctagactagcttaaaagcttcatattacaaaatgttatgtgctaaataatatcatgtactatcatgtttgttggtcacttgcttttgattgc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G039889_T05
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78107919|gb|DV526337.1|DV526337
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|67022594|gb|CO451343.1|CO451343
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|24764370|gb|CA399535.1|CA399535
EST:     ACGGGGATCTTCAACAGCCTGCGACACTTGTTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         AACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|76910226|gb|DV163762.1|DV163762
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|78107918|gb|DV526336.1|DV526336
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|32800487|gb|CD952723.1|CD952723
EST:     GATCCCCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: GATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|76284975|gb|DV024543.1|DV024543
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|211026941|gb|FL261358.1|FL261358
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|50336508|gb|CO531634.1|CO531634
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTTTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|30032149|gb|CB834000.1|CB834000
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|78123847|gb|DV542231.1|DV542231
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTTTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|31353590|gb|CD437947.1|CD437947
EST:     TCCGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|116824796|gb|EC868448.1|EC868448
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|88758185|gb|DY542326.1|DY542326
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTTTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|78115266|gb|DV533654.1|DV533654
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|31612380|gb|CD569002.1|CD569002
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|76016911|gb|DT944081.1|DT944081
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|71299499|gb|DR785760.1|DR785760
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|31910879|gb|CD651644.1|CD651644
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|71326312|gb|DR799844.1|DR799844
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|60400549|gb|DN233356.1|DN233356
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|211213178|gb|FL436853.1|FL436853
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTYTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|71762950|gb|DR960887.1|DR960887
EST:     ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: ACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
EST: gi|12973070|gb|BG268297.1|BG268297
EST:     GGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAG                         GACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT
genomic: GGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgct ... gcttacgcagGACGCTGAGGCTTGTGCCTTCTACATGAGGTCTGGCATGTGCAGGTTCGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ATGCAAGTTTCACCACCCCATCAGTCGTTTTGCCCCGCATTCCAAAGAAAACGGGGATCCTCAACAGCCTGCGACACTTGCTAGCCTGCCAAGGAGAGAGgtaacatgctagactagcttaaaagcttcatattacaaaatgttatgtgctaaataatatcatgtactatcatgtttgttggtcacttgcttttgattgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
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