Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaagtcgcgcctccgcctcctccccctcctcaacgctgtgctatttagccaatgctgacagcgacgtgctcccaagaagcggcagCCCCGAGCGCACTGCGGGATCTGCTAGGAGCCGGCGACTCCTTGAACAGCATGGGCAAGAGGCCGTGGAGGAGGAAGAGGAGCGGTGGTCGTTCTTGGCA
Basic information
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|76282235|gb|DV021803.1|DV021803EST: CAATGACGGAGGTGGCGCTCCTCCGGGGCCCGACCAACCTCGCTTCCACC CCCCGAGCGCACTGCGGGATCTGCTAGGAGCCGGCGACTCCTTGAACAGCA
genomic: CAATGACGGAGGTGGCGCTCCTCCGGGGCCCGACCAACCTCGCTTCCACCgtaagtcgcg ... gaagcggcagCCCCGAGCGCACTGCGGGATCTGCTAGGAGCCGGCGACTCCTTGAACAGCA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.caacgctgtgctatttagccaatgctgacagcgacgtgctcccaagaagcggcagCCCCGAGCGCACTGCGGGATCTGCTAGGAGCCGGCGACTCCTTGAACAGCATGGGCAAGAGGCCGTGGAGGAGGAAGAGGAGCGGTGGTCGTTCTTGGCA
tgctgac putative branch site (score: 2)
tattta TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaagtcgcgcctccgcctcctccccctcctcaacgctgtgctatttagccaatgctgacagcgacgtgctcccaagaagcggcagCCCCGAGCGCACTGCGGGATCTGCTAGGAGCCGGCGACTCCTTGAACAGCATGGGCAAGAGGCCGTGGAGGAGGAAGAGGAGCGGTGGTCGTTCTTGGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG