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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGGTGCCCATCGGGCGGAAGGTGGACGTGTCCATCCACGGCTCGTACCAGGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgttcccgggccgcggcgagccggccggcgaccggcggtgctgcggacgatgcctttctttcactgataatcatctgccgccatcgttctggtcccgacacgtgcccttgcttcccgttctgctcccggcacttaacttggtcgcatatactattcctgtaacctctggcagatcatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000158_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12046794|gb|BF728933.1|BF728933
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         AAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
EST: gi|60350945|gb|DN217918.1|DN217918
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         AAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
EST: gi|14243352|gb|BG841066.2|BG841066
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGATCATGCAG                 
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAA-C--C-A-A-CA---AGgtgcgtacgt ... ga
EST: gi|7844083|gb|AW787286.1|AW787286
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         AAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
EST: gi|74234745|gb|DT642659.1|DT642659
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         AAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
EST: gi|7844084|gb|AW787287.1|AW787287
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         AAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTA
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTA
EST: gi|71762442|gb|DR960379.1|DR960379
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGATCATGCAG                 
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAA-C--C-A-A-CA---AGgtgcgtacgt ... ga
EST: gi|94475942|gb|EB704900.1|EB704900
EST:     TCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         AAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
genomic: TCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
EST: gi|78081855|gb|DV510267.1|DV510267
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         ATCATGCAGAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATC
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagA--A-G-A-----CGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATC
EST: gi|71448007|gb|DR829057.1|DR829057
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         ATCATGCAGAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATC
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagA--A-G-A-----CGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATC
EST: gi|78179144|gb|DV549517.1|DV549517
EST:     GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAG                         AAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG
genomic: GGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 37 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 7

GGGGTGCCCATCGGGCGGAAGGTGGACGTGTCCATCCACGGCTCGTACCAGGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgt ... gatcatgcagAAGACGAGGTGGTGGTCTCGCACGAGCGCCGCCGTCGCCATCCTTATGTAGTCACCTACGAGGACGGCGAAGGGGACTGGTTGCTCGTCGGAGATGATGT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGGTGCCCATCGGGCGGAAGGTGGACGTGTCCATCCACGGCTCGTACCAGGAGCTGCTCCGCACGCTCGAGAGCATGTTCCCTTCGGGTAACCAACAAGgtgcgtacgttcccgggccgcggcgagccggccggcgaccggcggtgctgcggacgatgcctttctttcactgataatcatctgccgccatcgttctggtcccgacacgtgcccttgcttcccgttctgctcccggcacttaacttggtcgcatatactattcctgtaacctctggcagatcatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA