1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...atttgctaggacatggactacaggtgatccatacaatggttgcaatgtggtgcatttacatggatcctgatgaagttatattctatgattgtctttttagGTGCTTTTGAGCACGTATCTGCTAGGCAACAAAACTGGAAAGAAGAAGGTGTATGTCAATTATATGAATGCTCGCCATCGAAGAGAATTACG
species | Zea mays |
transcript | AC214147.3_FGT002 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgtggtgcatttacatggatcctgatgaagttatattctatgattgtctttttagGTGCTTTTGAGCACGTATCTGCTAGGCAACAAAACTGGAAAGAAGAAGGTGTATGTCAATTATATGAATGCTCGCCATCGAAGAGAATTACG
tcctgat putative branch site (score: 3)
ttgtcttttt putative PPT
ttatattctatgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttgctaggacatggactacaggtgatccatacaatggttgcaatgtggtgcatttacatggatcctgatgaagttatattctatgattgtctttttagGTGCTTTTGAGCACGTATCTGCTAGGCAACAAAACTGGAAAGAAGAAGGTGTATGTCAATTATATGAATGCTCGCCATCGAAGAGAATTACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- -tgctagg
- - - - - acatgga
- - - - - -catggac
- - - - - - - - - - - - - - -catacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgatg