1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gaaacccgatgggtttttgctctatcacggcaggcagacaggcagcagtcgaatgccgaagcattgtttggcccctgctgacaaacgctatttggcacagGTCCTGTAACGGGTACAAAGTGGGGTGGTTCGTTATACAATGGCGTACGTGGTCGATACCACGTATTACCATCCTCCACTTCAAAAGAGGAGGAACCGGA
species | Zea mays |
transcript | AC197540.4_FGT009 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cagtcgaatgccgaagcattgtttggcccctgctgacaaacgctatttggcacagGTCCTGTAACGGGTACAAAGTGGGGTGGTTCGTTATACAATGGCGTACGTGGTCGATACCACGTATTACCATCCTCCACTTCAAAAGAGGAGGAACCGGA
tgctgac putative branch site (score: 2)
attgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaaacccgatgggtttttgctctatcacggcaggcagacaggcagcagtcgaatgccgaagcattgtttggcccctgctgacaaacgctatttggcacagGTCCTGTAACGGGTACAAAGTGGGGTGGTTCGTTATACAATGGCGTACGTGGTCGATACCACGTATTACCATCCTCCACTTCAAAAGAGGAGGAACCGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - ttttgct
- - - - - - - - - - - - - - -gcaggca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcagcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtttg