1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttgtaaggcaagaaagtcgaaggtacttactctttttctcgcttctgctatattttcattgcattcatgttttgacaacaattttctaacttttgttaagAAGTCTCTACTTCACATGTGAACATTGAAGTAAAGCATACCGAAGCTGAAGCTAAGGATGCTGGTATTGAAGCTGAAGCAGTAGCTGCCAGGGCTGCAAA
species | Zea mays |
transcript | AC191321.3_FGT002 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgctatattttcattgcattcatgttttgacaacaattttctaacttttgttaagAAGTCTCTACTTCACATGTGAACATTGAAGTAAAGCATACCGAAGCTGAAGCTAAGGATGCTGGTATTGAAGCTGAAGCAGTAGCTGCCAGGGCTGCAAA
ttctaac putative branch site (score: 1)
cttttgtt CT-rich tract
aattttctaactttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtaaggcaagaaagtcgaaggtacttactctttttctcgcttctgctatattttcattgcattcatgttttgacaacaattttctaacttttgttaagAAGTCTCTACTTCACATGTGAACATTGAAGTAAAGCATACCGAAGCTGAAGCTAAGGATGCTGGTATTGAAGCTGAAGCAGTAGCTGCCAGGGCTGCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - caagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caacaat