Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATAGCACTCAACGAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacctttaccatatactttcttcttcttttccccttatttttccacttatatttgtcaaaaaatcaaaaacaaacttatttgctgcgcacattg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g10430.t01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g10430.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTCCAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATAGCACTCAACGAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacctttaccatatact-ttcttcttcttttccccttatttttccacttatatttgtcaaaaaatcaaaaacaaacttatttgctgcgcacattg
||| |||||||| || |||||||||||||| || || ||||| || ||  | ||| ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||   || |  |    | ||| ||   | | |      ||   |   | | ||    ||    |    ||       |||| |||| ||||        
GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAGgtgagccacttgcagttcaaactattaaccatgtacaatactccatgcccaatttgctcttactgatctttcttttttgaact-attttctgcag------

upper sequence: Vv17s0000g10430.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g38920.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTCCAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATAGCACTCAACGAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacctttaccatatactttcttcttcttttccccttatttttccacttatatttgtcaaaaaatcaaaaacaaacttatttgctgcgcacattg
||||||||||||||||||||||||||| || ||  | | ||| | |||| ||||| ||||  | ||||| ||||| |||||||| ||||||| |      | | |   ||  |       |  ||  |  |||  |   |||     | ||   |||   || |        |  |||| |         
GTCCAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCTTTGAGCGACACGTTCGTGAAGCTTGTGTCCTGGTACGACAACGAATGGGGATACAGgtta---gtgtgtgctgcattatgaaagtgtaattctctgttacatgctcacgacagtctgcttaaa--ccacattttcctctgattgcag---------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110405865|gb|EC971420.1|EC971420
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|32458110|gb|CD799284.1|CD799284
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110415845|gb|EC981785.1|EC981785
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|156739081|gb|EV243202.1|EV243202
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110420854|gb|EC987139.1|EC987139
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110422074|gb|EC988386.1|EC988386
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|32459227|gb|CD800401.1|CD800401
EST:     GAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATG--ACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110685600|gb|EE062464.1|EE062464
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGGTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGNATTGTC-ACATGGCATCCTGCAAATAAGTGG
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTG-ATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGG
EST: gi|30300217|gb|CB977011.1|CB977011
EST:     AGAAGTTCTTGAAGGAN-GTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAAT
genomic: AGAAGTTCTTGAAG-ATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAAT
EST: gi|33403146|gb|CF208773.1|CF208773
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGAT
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGAT
EST: gi|46918519|gb|CN547848.1|CN547848
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|22009368|gb|BQ794402.1|BQ794402
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|352786757|gb|FQ481132.1|FQ481132
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACAT
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACAT
EST: gi|34547144|gb|CF515376.1|CF515376
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110417488|gb|EC983547.1|EC983547
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|22014055|gb|BQ799089.1|BQ799089
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|30132749|gb|CB918088.1|CB918088
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGCTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGCTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTC
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTC
EST: gi|351045425|gb|FQ440610.1|FQ440610
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGGTC-ACATGGCATCCCTGCAA-TAAGTG
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTG-TCCACATGGCATCC-TGCAAATAAGTG
EST: gi|351017998|gb|FQ439164.1|FQ439164
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAATGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|27584483|gb|CB007178.1|CB007178
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGNCAA-TAAGTGC
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTG-CAAATAAGTGG
EST: gi|71867205|gb|DT016260.1|DT016260
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110413917|gb|EC979733.1|EC979733
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110426421|gb|EC992829.1|EC992829
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|27581175|gb|CB003870.1|CB003870
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110692547|gb|EE071913.1|EE071913
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|30305899|gb|CB982693.1|CB982693
EST:     GAGGANTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGANTTACAG                         CTCCCGTGTGAT
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGAT
EST: gi|110411693|gb|EC977416.1|EC977416
EST:     GTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110424641|gb|EC991008.1|EC991008
EST:     GAGAAGTTTTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAAAGAAGGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|37186953|gb|CF606306.1|CF606306
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110685545|gb|EE062360.1|EE062360
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTC-ACATGGCATCCTGCAAATAAG-GGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110424380|gb|EC990739.1|EC990739
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110405480|gb|EC971021.1|EC971021
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110418668|gb|EC984832.1|EC984832
EST:     GAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|30300898|gb|CB977692.1|CB977692
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGA
EST: gi|352785428|gb|FQ477642.1|FQ477642
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|10283281|gb|BE846404.1|BE846404
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|352773000|gb|FQ470615.1|FQ470615
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|30136647|gb|CB921985.1|CB921985
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110421298|gb|EC987594.1|EC987594
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|37183992|gb|CF603346.1|CF603346
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATC
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATC
EST: gi|110366428|gb|EC930334.1|EC930334
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110430292|gb|EC996839.1|EC996839
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|34550240|gb|CF518458.1|CF518458
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|46919643|gb|CN548972.1|CN548972
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|37188809|gb|CF608158.1|CF608158
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|22009197|gb|BQ794231.1|BQ794231
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110690168|gb|EE067029.1|EE067029
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|71874879|gb|DT023934.1|DT023934
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|22011202|gb|BQ796236.1|BQ796236
EST:     ATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: ATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110686486|gb|EE064182.1|EE064182
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACTTGGCATCCTGCCAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|22012911|gb|BQ797945.1|BQ797945
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|22008458|gb|BQ793492.1|BQ793492
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110730617|gb|EE107901.1|EE107901
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|32460883|gb|CD802057.1|CD802057
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|30131294|gb|CB916633.1|CB916633
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCC
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCC
EST: gi|37186932|gb|CF606285.1|CF606285
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110415322|gb|EC981217.1|EC981217
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAA-TAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|71886347|gb|DT035402.1|DT035402
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110415198|gb|EC981078.1|EC981078
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|349808368|gb|FQ405536.1|FQ405536
EST:     GAGAAATTCATGAAGATTGTCGCTTGGTATGAAAATGAATGAGGTTACAG                         CTCCAGTGTGAACGAC
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGAC
EST: gi|110696441|gb|EE072561.1|EE072561
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110407158|gb|EC972754.1|EC972754
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110701156|gb|EE078437.1|EE078437
EST:     GAGAAGTTCTTGGAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACCTGGCATCCTGCCAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|34545757|gb|CF513989.1|CF513989
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110408997|gb|EC974650.1|EC974650
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|32457319|gb|CD798493.1|CD798493
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|37186376|gb|CF605729.1|CF605729
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110368698|gb|EC932712.1|EC932712
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGCA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|27581598|gb|CB004293.1|CB004293
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGNCAA-TAAGTGG
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTG-CAAATAAGTGG
EST: gi|37190368|gb|CF609717.1|CF609717
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGGTTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGG
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGG
EST: gi|352790843|gb|FQ475480.1|FQ475480
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCCCATGGCTTCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|110689985|gb|EE066686.1|EE066686
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
EST: gi|30126527|gb|CB911866.1|CB911866
EST:     GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG                         CTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA
genomic: GAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacc ... tgtgttgcagCTCCCGTGTGATCGACTTGATTGTCCACATGGCATCCTGCAAATAAGTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCCAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATAGCACTCAACGAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAGgtgacgtacctttaccatatactttcttcttcttttccccttatttttccacttatatttgtcaaaaaatcaaaaacaaacttatttgctgcgcacattg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa