Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttctttctttctctctttctttctttttttgattggttttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0032g00310.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0032g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os05g08960.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatt-tctttctttctctctttctttctttttttgattggttttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag
||||||||||||||||  | ||   ||| ||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||   | ||    |       | | | || ||    | |||||| |      ||||| |  |||        || ||     |||  || ||                                 
TGATGAGGGATTTCAAACGACTGATGCAGGATCCTCCAGCTGGCATAAGTGGGGCCCCACAGGACAACAATATAATGCTTTGGAATGCTGTAATTTTTGGgtaaggtgttagacttaagagatatgttttattcctttcggttttattttgatccattatacttagttgtcaattatg-----tcttgttttgcag------------------------------

upper sequence: Vv08s0032g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT1G14400.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttctttctttctctctttctttctttttttgattggttttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag
| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |     |     |  ||   | ||   |   | |  || |    |||    | |  ||| |  ||||  || ||   || |  ||||   ||| | |                        
TAATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCGGGTATTAGTGGTGCTCCACAGGACAACAACATTATGCTCTGGAATGCTGTCATATTTGGgtaatgggaacaagtacctttagatactggct--aaatatttctgaaacttt---tgtcatttctgtacttacttagacctttttgtttctaaatttgtag------------------------

upper sequence: Vv08s0032g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT2G02760.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttctttctttctctctttctttctttttttgattggttttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag
|||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || |||||||| |||||| | ||||||||||| || || ||||| ||         |  |                | | | |   |  ||   || | |  |||| ||             |||| ||| ||| |||   |                        
TGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCAGGAATTAGTGGTGCTCCACAAGACAACAATATCATGTTGTGGAATGCTGTTATATTCGGgtaattgaactaaagtaacaaaaaaaaaaaacgatacttgataggtttctctgcactgtacttattaaagc----------ttctgattgtggatttgcag------------------------

upper sequence: Vv08s0032g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S91_87V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttctttctttctctctttctttctttttttgattggttttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag
||||| | || |||||| | || ||||| ||||| || || |||||||| || || || |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||          || |   || |   | |   || |   || | | |  ||  | |  |   ||      |    |   |||   ||   ||  | | ||| |                     
TGATGCGCGACTTCAAGCGCCTGCAGCATGATCCTCCGGCCGGCATCAGCGGCGCCCCGCAGGACAACAACATCATGTTGTGGAATGCTGTCATATTCGGgtacccaaactcctccccgattttcgttctgcatgctcaattgtgt-cggtatgaatgcgaa-attcgtggggcgcggagatttgcatggcgg--tgtcggttt---------------------

upper sequence: Vv08s0032g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S219_106V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttctttctttctctctttctttctttttttgattggttttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag
||||| | || |||||| |  | || || ||||| || || |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||      |   || ||  ||   | |||| || | | || |   | | |         ||   |     |  | |      |  |    ||  | | ||| ||                    
TGATGCGTGACTTCAAGCGCTTGCAACATGATCCTCCGGCCGGCATCAGCGGCGCTCCGCAGGACAACAATATCATGCTGTGGAATGCTGTGATATTCGGgtaacgaagtgcctccctggtttcgttttttgttcaattgtgtccggtcgtggtgcggaattcgccgg---gcgtgggaggcgc--acgtcggagtgtcggtttt--------------------

upper sequence: Vv08s0032g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ21576 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttctttctttctctctttctttctttttttgattggtt-ttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag
||||| | ||||||||| | || ||||| ||||| || || |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| || || ||||   | | ||       |||||||    ||||||| ||    || |  |||||                                                                        
TGATGCGAGATTTCAAGCGCCTACAGCATGATCCTCCGGCAGGCATCAGCGGCGCTCCACAGGACAACAATATCATGTTGTGGAATGCTGTGATCTTCGGgtgagt-tctcgcgaaacctttcttagggtttttgaatgtcggttctttcttacag----------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349814183|gb|FQ414802.1|FQ414802
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|351041390|gb|FQ447517.1|FQ447517
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|77584707|gb|DV221429.1|DV221429
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|71875929|gb|DT024984.1|DT024984
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|37185055|gb|CF604408.1|CF604408
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|34546986|gb|CF515218.1|CF515218
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|351018739|gb|FQ425641.1|FQ425641
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|351049542|gb|FQ429164.1|FQ429164
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|351022236|gb|FQ438821.1|FQ438821
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|71884914|gb|DT033969.1|DT033969
EST:     CAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: CAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|37189198|gb|CF608547.1|CF608547
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|37189183|gb|CF608532.1|CF608532
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|71859196|gb|DT008251.1|DT008251
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|30302562|gb|CB979356.1|CB979356
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110370399|gb|EC929600.1|EC929600
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|71858776|gb|DT007831.1|DT007831
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|30256446|gb|CB972289.1|CB972289
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|34543081|gb|CF511313.1|CF511313
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|294966277|gb|GW837528.1|GW837528
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110392731|gb|EC957047.1|EC957047
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110375657|gb|EC940666.1|EC940666
EST:     TCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: TCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|22012712|gb|BQ797746.1|BQ797746
EST:     -GGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|161719498|gb|FC066422.1|FC066422
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|294966113|gb|GW837480.1|GW837480
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|161720625|gb|FC070235.1|FC070235
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|46917601|gb|CN546930.1|CN546930
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|349813320|gb|FQ411560.1|FQ411560
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|34547075|gb|CF515307.1|CF515307
EST:     ATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: ATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110410666|gb|EC976357.1|EC976357
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|22012179|gb|BQ797213.1|BQ797213
EST:     -GGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCA-TTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110701165|gb|EE078466.1|EE078466
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|161719098|gb|FC065706.1|FC065706
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|351032605|gb|FQ462319.1|FQ462319
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|349821106|gb|FQ404359.1|FQ404359
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110696112|gb|EE074897.1|EE074897
EST:     CTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: CTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|27582933|gb|CB005628.1|CB005628
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110710849|gb|EE087378.1|EE087378
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|71857354|gb|DT006409.1|DT006409
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|71859730|gb|DT008785.1|DT008785
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110723791|gb|EE099055.1|EE099055
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|30302634|gb|CB979428.1|CB979428
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110423496|gb|EC989842.1|EC989842
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|110720843|gb|EE097121.1|EE097121
EST:     GGGGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG
EST: gi|161720454|gb|FC070566.1|FC070566
EST:     GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGG                         ACCTGATGATACTCCTTGGGACGGAG
genomic: GGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttcttt ... tgatttgtagACCTGATGATACTCCTTGGGATGGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATGAGGGATTTCAAGAGGCTCCAGCAAGATCCACCTGCTGGCATCAGTGGGGCTCCTCAGGACAACAACATCATGCTATGGAATGCTGTCATTTTTGGgtatttctttctttctctctttctttctttttttgattggttttttgccttaccattttgtttatcaacttgttttgataattctaattctgggtttttggtgttttttcttgtttgatttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG