1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TCGTCTGTGCAGACAGTGGGAAAAGTGCAATCCCACTGCTTAAACCTCCCCACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgtcgccatggtatttgatgcgatttgcttacatcaaattttctatcaaactcctctctactgcatctatctatgattttcgtttgagcttgtctttataaatgtgaatctcctcccacag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0010g03780.t01 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|110696328|gb|EE075095.1|EE075095
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|110697554|gb|EE074645.1|EE074645
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|71865489|gb|DT014544.1|DT014544
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|110696946|gb|EE073505.1|EE073505
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|110399692|gb|EC966212.1|EC966212
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: GATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|27581607|gb|CB004302.1|CB004302
genomic: GATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|34542748|gb|CF510980.1|CF510980
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|71873987|gb|DT023042.1|DT023042
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|26264142|gb|CA815205.1|CA815205
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCGEST: gi|71880882|gb|DT029937.1|DT029937
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
EST: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGG GTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
genomic: CACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgt ... cctcccacagGTTTGAAGCTACTGGGATAATTAGGGAAATGGAACGGAACGTCAATAGTCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCGTCTGTGCAGACAGTGGGAAAAGTGCAATCCCACTGCTTAAACCTCCCCACGACTTTGATGCCTGTTTCATGGATATCCAGATGCCAGAAATGGACGGgtatgtatgtcgccatggtatttgatgcgatttgcttacatcaaattttctatcaaactcctctctactgcatctatctatgattttcgtttgagcttgtctttataaatgtgaatctcctcccacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG