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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttggtttgcacggatacagttgggttttgaattttatatgtttggatgcggtgttattgatatgcttgtgatttatgtttgatctatgtgtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAAGCAGAAGGCTGCTCTGAGGGAAGCCTACAAGAACAAGAAGTACTTGCCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0317g00130.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0317g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G38480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gttggtttgcacggatacagttgggttttgaattttatatgtttggatgcggtgttattgatatgcttgtgatttatgtttgatctatgtgtggg---tgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAAGCAGAAGGCTGCTCTGAGGGAAGCCTACAAGAACAAGAAGTACTTGCCA
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-------------gtaataacctaatctaaa----taaatttttgtttgttttgcctatgaggtgtttgtgttaattacttattttgaaattggggtttgcagAAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAAGCAGAAGGCTGCGTTGAGGGATGCCTACAAGAATAAGAAGTACTTGCCT

upper sequence: Vv00s0317g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G43770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gttggtttgcacggatacagttgggttttgaattttatatgtttggatgcggtgttattgatatgcttgtgatttatgtttgatctatgtgtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAAGCAGAAGGCTGCTCTGAGGGAAGCCTACAAGAACAAGAAGTACTTGCCA
              |||   ||    |   ||||     | | |   |    | | |    | || || ||  |||| ||  |  |  |  |   ||||| ||||||||||| |||   ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
-----------gtaataatcttaatctaataattcctcgtttctcttttgcctttgaggtttgtgtttatgtgttattttgaaattgaggtt---tgcagCAAGGTGGTGAGGTTGAACATTGCCCAGGTTTTGACGGTGATTTCTCAGAAGCAGAAGGCCGCGTTGAGGGATGCCTACAAGAACAAGAAGTACTTGCCT

upper sequence: Vv00s0317g00130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G39390.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
------gttggtttgcacggatacagttgggttttgaattttatatgtttggatgcggtgttattgatatgcttgtgatttatgtttgatctatgtgtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAAGCAGAAGGCTGCTCTGAGGGAAGCCTACAAGAACAAGAAGTACTTGCCA
      | |   ||||   | || |     |||      ||       | |  |    |   |||||| | |   ||  ||||||||    ||||| ||  | ||| |||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || ||| ||||| |||| || || |||||||||||||||   ||||| 
aaagtagcttacttgcttagttatatcactgttggattgttcggtcactggtttttaatcacattgatct-caaatgggttatgttt----tatgt-tgatttcagCAAGGTGGTGAGGAAGTCGATTGCTCAGGTGTTGACAGTGATCTCACAGAAACAAAAGTCTGCTTTGAGAGAGGCATACAAGAACAAGAAGCTTTTGCCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110695137|gb|EE072810.1|EE072810
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110376524|gb|EC941587.1|EC941587
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|351031179|gb|FQ445006.1|FQ445006
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|37184933|gb|CF604286.1|CF604286
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTG
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTG
EST: gi|110687535|gb|EE065055.1|EE065055
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110703165|gb|EE079770.1|EE079770
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|37188979|gb|CF608328.1|CF608328
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110379648|gb|EC944860.1|EC944860
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110694097|gb|EE070915.1|EE070915
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110686868|gb|EE063790.1|EE063790
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110372819|gb|EC937013.1|EC937013
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110387809|gb|EC952507.1|EC952507
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|30303301|gb|CB980095.1|CB980095
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110425505|gb|EC991891.1|EC991891
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCGCCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110401677|gb|EC968293.1|EC968293
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|34319356|gb|CF372110.1|CF372110
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|26262815|gb|CA813878.1|CA813878
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|71869333|gb|DT018388.1|DT018388
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110690634|gb|EE067975.1|EE067975
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110689358|gb|EE065512.1|EE065512
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110717557|gb|EE093520.1|EE093520
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCGCCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110395009|gb|EC960492.1|EC960492
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|30329993|gb|CD013255.1|CD013255
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCGCCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110693877|gb|EE070492.1|EE070492
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110397537|gb|EC963285.1|EC963285
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|37187582|gb|CF606935.1|CF606935
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|28970509|gb|CB349542.1|CB349542
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110394160|gb|EC958737.1|EC958737
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|30298212|gb|CB975006.1|CB975006
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110708924|gb|EE083936.1|EE083936
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCGCCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110399407|gb|EC965911.1|EC965911
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110381437|gb|EC934458.1|EC934458
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110422003|gb|EC988312.1|EC988312
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCGCCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110401995|gb|EC968625.1|EC968625
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|46917670|gb|CN546999.1|CN546999
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCGCCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|30127942|gb|CB913281.1|CB913281
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110370745|gb|EC932830.1|EC932830
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|34416239|gb|CF414993.1|CF414993
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110695896|gb|EE074433.1|EE074433
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|110686510|gb|EE064230.1|EE064230
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
EST: gi|32249260|gb|CD715079.1|CD715079
EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCAATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
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EST:     CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGAT                         AAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA
genomic: CTCCGAGTTGCCAAGGTCACCGGTGGTGCACCAAACAAGCTCTCCAAGATgtactctctt ... gtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgcggtgttattgatatgcttgtgatttatgtttgatctatgtgtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAAGCAGAAGGCTGCTCTGAGGGAAGCCTACAAGAACAAGAAGTACTTGCCA
         ttattgatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtttgcacggatacagttgggttttgaattttatatgtttggatgcggtgttattgatatgcttgtgatttatgtttgatctatgtgtgggtgcagAAAGGTGGTGAGATTGTCGATTGCACAGGTATTGACAGTTATTTCACAGAAGCAGAAGGCTGCTCTGAGGGAAGCCTACAAGAACAAGAAGTACTTGCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - gcacgga
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