1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ctcctcagtaaagttgtggtgagagacccttcttcaagccaaagacaactatttgtgtctttgcagtgttaacaactagaaacgtttattgactaacaagAGCATGCATGGCTTACTCAAATGGAGGCAAAGAGGAGTGGGTCATCCGCATAGAGCAACAG
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ37862 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
caactatttgtgtctttgcagtgttaacaactagaaacgtttattgactaacaagAGCATGCATGGCTTACTCAAATGGAGGCAAAGAGGAGTGGGTCATCCGCATAGAGCAACAG
tattgac putative branch site (score: 2)
tttattga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcctcagtaaagttgtggtgagagacccttcttcaagccaaagacaactatttgtgtctttgcagtgttaacaactagaaacgtttattgactaacaagAGCATGCATGGCTTACTCAAATGGAGGCAAAGAGGAGTGGGTCATCCGCATAGAGCAACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
ctcctca
- - - - - - - - - - - - - -ccttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - caagcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtttatt