Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatactacatttggttgcaactggagttctaatgcattgatttttaatagCACACTGGAAGCGGTTTTGGACGCAAGTTGTTCTTCAGACTGTTCTTTGAGCATGGCTTATGTCTTGAGCCAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ32372
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169029481|gb|FE436723.1|FE436723
EST:     TTCTCCAGACGATTTGAGTTCTTAGGGAACCGCATTCAAGTGATCTATGA                         CACACTGGAAGCGGTTTTGGACGCAAGTTGTTCTTCAGACTGTTCTTTGAG
genomic: TTCTCCAGACGATTTGAGTTCTTAGGGAACCGCATTCAAGTGATCTATGAgtaagatact ... tttttaatagCACACTGGAAGCGGTTTTGGACGCAAGTTGTTCTTCAGACTGTTCTTTGAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagatactacatttggttgcaactggagttctaatgcattgatttttaatagCACACTGGAAGCGGTTTTGGACGCAAGTTGTTCTTCAGACTGTTCTTTGAGCATGGCTTATGTCTTGAGCCAG
                                             ttttt  CT-rich tract
                                        attgatttttaata  TA-rich tract