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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcaagccaagttttttgcgttctttcccttttgtcaaccgtgctctcttttctcgtacagGTTCTGAGCGTGCAACAATTGTATCGTATTAGTACTATGTATTGGGACGATAAGTATGGAACACACAGTGTATCACCAGAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ23877
intron # 34
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169094418|gb|FE495085.1|FE495085
EST:     ACCAAAAGCCAAAGAAATCACTCGATGAAATTATGCACGACCTTTGCCCG                         GTTCTGAGCGTGCAACAATTGTATCGTATTAGTACTATGTATTGGGACGAT
genomic: ACCAAAAGCCAAAGAAATCACTCGATGAAATTATGCACGACCTTTGCCCGgtaagcaagc ... tctcgtacagGTTCTGAGCGTGCAACAATTGTATCGTATTAGTACTATGTATTGGGACGAT
EST: gi|169073787|gb|FE481434.1|FE481434
EST:     ACCAAAAGCCAAAGAAATCACTCGATGAAATTATGCACGACCTTTGCCCG                         GTTCTGAGCGTGCAACAATTGTATCGTATTAGTACTATGTATTGGGACGAT
genomic: ACCAAAAGCCAAAGAAATCACTCGATGAAATTATGCACGACCTTTGCCCGgtaagcaagc ... tctcgtacagGTTCTGAGCGTGCAACAATTGTATCGTATTAGTACTATGTATTGGGACGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaagttttttgcgttctttcccttttgtcaaccgtgctctcttttctcgtacagGTTCTGAGCGTGCAACAATTGTATCGTATTAGTACTATGTATTGGGACGATAAGTATGGAACACACAGTGTATCACCAGAG
              ttctttcccttttgtc  CT-rich tract
     tttttt  TA-rich tract