Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGACAGCCGGTCGAGCATCTTCGACGCCAGCGCTGGAATCGCCTTGAACGACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaattttctcgcagtttctcggagcttcgtggtattgatcttcactttttttctgttttgcag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ22884
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ22884 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTGACAGCCGGTCGAGCATCTTCGACGCCAGCGCTGGAATCGCCTTGAACGACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaattttctcgcagtttct----------cggagcttcgtggt--attgatcttcactt-tttttctgttttgcag------------
          ||||||||||||||||||||  |||||||| ||  | |||||  ||||| | ||| | || || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |  | ||      ||   | |          |    || | ||    |||     | |||  | ||||| ||||| |             
----------GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAGgtgagccacttgcagttcaaactattaaccatgtacaatactccatgcccaatttgctcttactgatctttcttttttgaactattttctgcag

upper sequence: EFJ22884 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv01s0010g02460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
GTGACAGCCGGTCGAGCATCTTCGACGCCAGCGCTGGAATCGCCTTGAACGACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaattttctcgcagtttctcggagcttcgtggtattgatcttcactttttttctgttttgcag--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
           || |||||||| || ||||  |||||||| ||| |||| | | | ||||| ||  | ||  |||||||||||||||||||||| |||||||           |||    ||  ||  |||| | |      ||  ||  | ||   |   ||    ||                                                                                                                                
----------ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTTGAAACTCGTCTCGTGGTATGACAACGAATGGGGTTACAGgtaaatttcagccctcttgattaatca-agctacataaacccgagattatcattcgatacattg-atagatttgaggcctctgcagccttagagtagagaggacatgaatcacatttggcattgccctttaattaatccctctaagctttgatgattgattgctgaaatcctttttctcgtatgttttactttgcag

upper sequence: EFJ22884 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 10
lower sequence: PP1S49_34V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
GTGACAGCCGGTCGAGCATCTTCGACGCCAGCGCTGGAATCGCCTTGAACGACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaattttctcgcagtttctcggagcttcgtggtattgatcttcactttttttctgttttgcag------------------------------------------------------------
|||||||||||||  |||||||||| || |  |||||  ||||| ||  |||| | ||| | ||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||   |    | || | |     |||      |  |   || | |   | |  | | ||     |   |                                                            
GTGACAGCCGGTCCGGCATCTTCGATGCTAAAGCTGGGTTCGCCATGGCCGACAATTTTGTGAAGCTCGTCGCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtatcatccatctcccacctccactcttcctcttctaaaatcgcttcgcgccatgtctccagcctcttgaacattgcaatgtttcagctcactctgacgttgtttcctttgtttggatatgtgctgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169053118|gb|FE463017.1|FE463017
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169039305|gb|FE448863.1|FE448863
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTA
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTA
EST: gi|169054022|gb|FE461321.1|FE461321
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169108217|gb|FE513526.1|FE513526
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169058409|gb|FE466306.1|FE466306
EST:     GACCACTTTGTAAAGCTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATAT
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATAT
EST: gi|169104872|gb|FE505415.1|FE505415
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169039304|gb|FE448862.1|FE448862
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169058890|gb|FE468724.1|FE468724
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169046310|gb|FE456937.1|FE456937
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169111545|gb|FE510405.1|FE510405
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169046918|gb|FE455881.1|FE455881
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169068217|gb|FE476935.1|FE476935
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169049545|gb|FE457715.1|FE457715
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169101038|gb|FE500938.1|FE500938
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169111182|gb|FE509600.1|FE509600
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169055485|gb|FE465870.1|FE465870
EST:     GACCACTTTGTAAAGCTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169019760|gb|FE426639.1|FE426639
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGACTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169101433|gb|FE501406.1|FE501406
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169068216|gb|FE476934.1|FE476934
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
EST: gi|169073651|gb|FE481363.1|FE481363
EST:     GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAG                         CAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC
genomic: GACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 22

GTGACAGCCGGTCGAGCATCTTCGACGCCAGCGCTGGAATCGCCTTGAACGACCACTTTTTAAAGGTGGTTGCGTGGTATGACAACGAATGGGGCTACAGgtgggagaat ... tgttttgcagCAACCGTGTCGTCGATCTTGTACTCCATATGGCCAAAGCTATGGCCAAAGCTACTTAACTTCGGATTCTGTGCGTAGAAGTTTAGAGATGCAATAAAACC




<











<


<