1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ggtgctgctttgttgatcaaatccacgccaggagtgaacgtctcttgtcgaagaatacatgtgtgatgcctttgatgtacgctttacaagctttgtctagGAAGAACAGGGACATTGGGCGCTTGTCAGCATAAAGCATAACATCCACTTCACGTTGAGGATGCTCTTGAAGCATCATGCTAAGGAAG
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ22365 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgtcgaagaatacatgtgtgatgcctttgatgtacgctttacaagctttgtctagGAAGAACAGGGACATTGGGCGCTTGTCAGCATAAAGCATAACATCCACTTCACGTTGAGGATGCTCTTGAAGCATCATGCTAAGGAAG
ctttgat putative branch site (score: 5)
ctttgtct putative PPT
aagaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtgctgctttgttgatcaaatccacgccaggagtgaacgtctcttgtcgaagaatacatgtgtgatgcctttgatgtacgctttacaagctttgtctagGAAGAACAGGGACATTGGGCGCTTGTCAGCATAAAGCATAACATCCACTTCACGTTGAGGATGCTCTTGAAGCATCATGCTAAGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
ggtgctg
- - - -ctttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgccttt