1 5' 3' |
...gtgaaatccactttggcttagaggcctctctgtttccactagtgcttgagcttgattgccttgggcttttgattgctctaactcagcttcgccttcatagCTTACGGAGGATCGAGCGTGGTGACAATGCTGGTAGGCAACAAGTGCGATCTCACAGACATCCGCGAGGTATCAGTCGAGGAGGGCAAGGAGCTGGCCGA
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ22260 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttgagcttgattgccttgggcttttgattgctctaactcagcttcgccttcatagCTTACGGAGGATCGAGCGTGGTGACAATGCTGGTAGGCAACAAGTGCGATCTCACAGACATCCGCGAGGTATCAGTCGAGGAGGGCAAGGAGCTGGCCGA
ctctaac putative branch site (score: 14)
cttcgccttc putative PPT
ttttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaaatccactttggcttagaggcctctctgtttccactagtgcttgagcttgattgccttgggcttttgattgctctaactcagcttcgccttcatagCTTACGGAGGATCGAGCGTGGTGACAATGCTGGTAGGCAACAAGTGCGATCTCACAGACATCCGCGAGGTATCAGTCGAGGAGGGCAAGGAGCTGGCCGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
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- - - - - - ttggctt
- - - - - - - - - - - - cctctct
- - - - - - - - - - - - - - - - tttccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcttg
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagcttc