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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtccgatctttgtgtagtcccttcaaagttggttataaagctacttaacagGTGCTCTTTCGGATATTCACTCTCCCAAGCAAGAGCAGGCCAAGGACCAGCAAAAGCCGTTACTTCTATCCCTTGAAAACGTGCAAAATTTAATTGTTAA

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ17663
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169082540|gb|FE489050.1|FE489050
EST:     TAAACAACACGTCAACCACAAGTTCAAGGTGCTATACGCCCAAGTAACAG                         GTGCTCTTTCGGATATTCACTCTCCCAAGCAAGAGCAGGCCAAGGACCAGC
genomic: TAAACAACACGTCAACCACAAGTTCAAGGTGCTATACGCCCAAGTAACAGgtccgatctt ... tacttaacagGTGCTCTTTCGGATATTCACTCTCCCAAGCAAGAGCAGGCCAAGGACCAGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtccgatctttgtgtagtcccttcaaagttggttataaagctacttaacagGTGCTCTTTCGGATATTCACTCTCCCAAGCAAGAGCAGGCCAAGGACCAGCAAAAGCCGTTACTTCTATCCCTTGAAAACGTGCAAAATTTAATTGTTAA
                                           ttataaa  TA-rich tract