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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctactttggatttgtattgtttgaggctcggagttcacgtttctttacagATATCCATCGTTCTTTGAAACTCGTCTTGGCGACGGATTGCAGTTGTCCTTCACCTTCATTCAGACTGGTGCAACACACGCTTCACGCGTGAAAAACAAA

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ17512
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169077276|gb|FE485162.1|FE485162
EST:     GAAGGCATATCTAAGCTTGCTCATCGTTTGCTAAGCAATCTAAACGACAA                         ATATCCATCGTTC
genomic: GAAGGCATATCTAAGCTTGCTCATCGTTTGCTAAGCAATCTAAACGACAAgtaagctact ... ttctttacagATATCCATCGTTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagctactttggatttgtattgtttgaggctcggagttcacgtttctttacagATATCCATCGTTCTTTGAAACTCGTCTTGGCGACGGATTGCAGTTGTCCTTCACCTTCATTCAGACTGGTGCAACACACGCTTCACGCGTGAAAAACAAA
                                          cgtttcttt  CT-rich tract
              atttgtatt  TA-rich tract