Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggctaatctgcctcaaaaacttgattctgcttgttgttgagtatgcctggatggtgattttacttacagttgtgctgagtgaagtggtgctctctgtttctactgttagagttatgtttgagcccctttgatgtttttatgcagTAGACTCCAGCCCTCCATGGGAAGGCCGTGTTCCTTGTAGGAAGCGCTCATCCATGCCTCGGGCATGCACTTCAGTTGATAAGCTTATCAGGCAATTTCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_417V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctctctgtttctactgttagagttatgtttgagcccctttgatgtttttatgcagTAGACTCCAGCCCTCCATGGGAAGGCCGTGTTCCTTGTAGGAAGCGCTCATCCATGCCTCGGGCATGCACTTCAGTTGATAAGCTTATCAGGCAATTTCA
                                    ctttgat  putative branch site (score: 5)
                                          tgttttt  CT-rich tract
                                     tttgatgtttttat  TA-rich tract