1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gggcttaggtggacaccaaaggccgagaagtcgccttattcagcagtcctctatgtcgtctgatgttaattctgaatgcaaaagtaaatttttgttgcagGGTCATGTTCAGCCTGTTGTTGAGAAGACAACTACCTTGCCTAGATCTGTTGACTCAACCAAGGGTAGTTTGAACTTCAGCTCAACTGACAAGAGGAGTC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S9_106V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATGGCTGCGATGTTCGGTGTTTCGAGATATAGCAGCAGTGGGGTTGAG GGTCATGTTCAGCCTGTTGTTGAGAAGACAACTACCTTGCCTAGATCTGTT
genomic: AGATGGCTGCGATGTTCGGTGTTTCGAGATATAGCAGCAGTGGGGTTGAGgtatattctt ... tttgttgcagGGTCATGTTCAGCCTGTTGTTGAGAAGACAACTACCTTGCCTAGATCTGTT
gtcctctatgtcgtctgatgttaattctgaatgcaaaagtaaatttttgttgcagGGTCATGTTCAGCCTGTTGTTGAGAAGACAACTACCTTGCCTAGATCTGTTGACTCAACCAAGGGTAGTTTGAACTTCAGCTCAACTGACAAGAGGAGTC
tgttaat putative branch site (score: 7)
tttttgtt putative PPT
aaaagtaaatttttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggcttaggtggacaccaaaggccgagaagtcgccttattcagcagtcctctatgtcgtctgatgttaattctgaatgcaaaagtaaatttttgttgcagGGTCATGTTCAGCCTGTTGTTGAGAAGACAACTACCTTGCCTAGATCTGTTGACTCAACCAAGGGTAGTTTGAACTTCAGCTCAACTGACAAGAGGAGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG