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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCAATAGCTATTCCCTCACGATTATTGTCCATTCAAAGCCCTTGTAGCGTGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAGgtaccgcattctcatatcttcctcgttgatttaacttacctgaagtatttgttatattgctgtcaaaaactctacttggaatcaatgacatagtatcgctgtccgcctcttgctcgagatactactgatttctaacgaaacgtttgtgattcgtcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S98_31V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18349393|gb|BJ181442.1|BJ181442
EST:     TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAG                         TGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTAGAGTC
genomic: TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAGgtaccgcatt ... gattcgtcagTGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTAGAGTC
EST: gi|208351069|gb|DC913505.1|DC913505
EST:     TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAG                         TGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTAGAGTC
genomic: TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAGgtaccgcatt ... gattcgtcagTGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTAGAGTC
EST: gi|18344669|gb|BJ176710.1|BJ176710
EST:     TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAG                         TGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTAGAGTC
genomic: TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAGgtaccgcatt ... gattcgtcagTGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTAGAGTC
EST: gi|18346224|gb|BJ178267.1|BJ178267
EST:     TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAG                         TGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTANAGTC
genomic: TGCAGGGGATATCCGGCAGTCTATAATTGGGGGCTAGTTTTAGTTGTTAGgtaccgcatt ... gattcgtcagTGCCAGAGTTTCAAGCCCACCGTGGAATTTGCAGCTATGGCTGTTAGAGTC