Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAGGCAAAGGCACGCCACTCCAATGGACAGGGACGTTGGCCCGTGAAGTCAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactgaacattgactcaacgattcgatgacagtattatggatcaatgagctaattcataaaagaattgctatttttgatgtctacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S97_74V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S97_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G702426_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CCAGGCAAAGGCACGCCACTCCAATGGACAGGGACGTTGGCCCGTGAAGTCAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactgaacattgactcaacgattcgatgacagtattatggatcaatgagctaat-tcataaaagaattgctatttttgatgtctacag
 || |||||| | |||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||| |  ||| | |||| |||| |||||||||| ||||| ||||| || || ||  ||     ||| |||  |  ||  ||   |    |        ||   ||| | ||      || ||   || | || | | | |||
ACAAGCAAAGTCTCGCCACTCCAATGGGCAGGGTCGCTGGCCTGTTAAGTCAGCCAGGTTCATATTGGATTTGCTGAAGAATGCTGAGAGTAACGCTGATgtatgccctc----ttgtctcttccttttcattttaagcgtgcactcacatttcctactgtctggtttgacttaacatgtctgttatttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18341219|gb|BJ173252.1|BJ173252
EST:     AAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: -AGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37850662|gb|BJ608670.1|BJ608670
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37829134|gb|BJ587146.1|BJ587146
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162274404|gb|FC450431.1|FC450431
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162274878|gb|FC451113.1|FC451113
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162262677|gb|FC438472.1|FC438472
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162235235|gb|FC412111.1|FC412111
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18369346|gb|BJ201432.1|BJ201432
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37844465|gb|BJ602473.1|BJ602473
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162274403|gb|FC450430.1|FC450430
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37823916|gb|BJ581982.1|BJ581982
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162266465|gb|FC442501.1|FC442501
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18327847|gb|BJ159851.1|BJ159851
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37822217|gb|BJ580283.1|BJ580283
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18360908|gb|BJ192972.1|BJ192972
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37847619|gb|BJ605627.1|BJ605627
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37827543|gb|BJ585555.1|BJ585555
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162272845|gb|FC448820.1|FC448820
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18348254|gb|BJ180301.1|BJ180301
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37852997|gb|BJ611005.1|BJ611005
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37835375|gb|BJ593387.1|BJ593387
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37838798|gb|BJ596806.1|BJ596806
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18343066|gb|BJ175104.1|BJ175104
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162203338|gb|FC378785.1|FC378785
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18331290|gb|BJ163299.1|BJ163299
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCA
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCA
EST: gi|18373967|gb|BJ205545.1|BJ205545
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCANAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162266464|gb|FC442500.1|FC442500
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18367163|gb|BJ199244.1|BJ199244
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|37825964|gb|BJ584030.1|BJ584030
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162272844|gb|FC448819.1|FC448819
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18350164|gb|BJ182215.1|BJ182215
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162235236|gb|FC412112.1|FC412112
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162230491|gb|FC407406.1|FC407406
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162203337|gb|FC378784.1|FC378784
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162201673|gb|FC377477.1|FC377477
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162201674|gb|FC377478.1|FC377478
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18344711|gb|BJ176752.1|BJ176752
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCANAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18336082|gb|BJ168104.1|BJ168104
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|18375101|gb|BJ206679.1|BJ206679
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162262676|gb|FC438471.1|FC438471
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
EST: gi|162179935|gb|FC356006.1|FC356006
EST:     CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAG                         GTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC
genomic: CAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 59

CCAGGCAAAGGCACGCCACTCCAATGGACAGGGACGTTGGCCCGTGAAGTCAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactg ... atgtctacagGTGAAAGGTCTTGATGTCGACACTCTTGTTGTATCCCACATCCAAGTAAACCAGGCCCAGAAACAGCGTAGACGTACTTACCGTGCTCACGGGCGTATCA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCAGGCAAAGGCACGCCACTCCAATGGACAGGGACGTTGGCCCGTGAAGTCAGCTACCTTCTTGTTGGGTTTGTTGAAGAATGCCGAGAGCAACGCAGAGgtgtgtactgaacattgactcaacgattcgatgacagtattatggatcaatgagctaattcataaaagaattgctatttttgatgtctacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA